Для полного исключения опасности срыва в штопор ОКБ предложило ввести автоматические предкрылки «по типу самолета Ме-109Е». Однако и.о. начальника ЦАГИ профессор С.Н. Шишкин и зам. начальника ЛИИ профессор А.В. Чесалов дали отрицательное заключение по предложенному варианту, указав, что такой предкрылок «заметно улучшает обтекание концов крыла, но не является удовлетворительным ввиду недостаточной длины; этот предкрылок оставляет незащищенной большую часть элерона со стороны центроплана. Кроме того, кинематическая схема открывания предкрылка вбок неудачна, так как при открытом предкрылке образуется уступ, вызывающий интенсивный местный срыв потока. Необходимо увеличить длину предкрылка по размаху, в сторону центроплана так, чтобы он перекрыл элерон с запасом не менее 200 мм. Предкрылок следует сделать выдвигающимся вперед, по типу самолетов Як-3 (имеется в виду И-30. – Авт.), обеспечивающим перекрытие уступа и отсутствие срыва с него…».
Выпуск «МиГов» постоянно рос. На середину июня НКАП должен был поставлять в войска ежесуточно 48 самолетов всех типов, в том числе: 15 МиГ-3, 10 ЛаГГ-3 и 4 Як-1. Такая расстановка приоритетов отвечала пожеланиям заказчика. Предполагалось, что ход будущей воздушной войне зададут бомбардировщики, которые будут действовать с больших высот, и там МиГ-3 покажет свои лучшие качества. Испытания в НИИ ВВС немецких самолетов Не 111Н, Do 215 и Ju 88А показали, что МиГ-3 способен их настичь и атаковать на любой высоте не только при заблаговременном оповещении и перехвате на встречных курсах, но и взлетая уже по видимой с аэродрома цели, когда ему приходилось ее догонять.
А вот огневая мощь для борьбы с бомбардировщиками была явно недостаточной. Командование ВВС требовало усилить вооружение МиГ-3 и обеспечить применение в ночное время. 5 марта 1941 г. на Госиспытания был представлен МиГ-3 с двумя облегченными пулеметами УБ-12,7. Но испытаний он не выдержал, и Микояну было поручено продолжать работу по установке на истребитель пушек. Не соответствовало требованиям времени и оборудование МиГ-3. Несмотря на многочисленные решения, они выпускались без радиополукомпасов, многие вовсе не имели радио. В некоторых полках экипажи самовольно снимали радиостанции, мотивируя плохой слышимостью, хотя они их даже не-проверяли.
Завод № 1 наращивал темп производства. Так, если в марте 1941 г. сдали 481 машину, то в июне 1289, почти втрое перекрыв план. В основном «МиГи» поступали на вооружение истребительных авиаполков западных военных округов. Однако и некоторые авиачасти, дислоцированные на востоке СССР, тоже получили их. Например, в Забайкальском ВО переучивание на новую технику начал 34-й ИАП, базировавшийся в Чите.