Произведены были обыски в учреждениях, организованных Раховым, но при этом решительно ничего не только преступного, но и сколько-нибудь подозрительного обнаружено не было. Иконы везде оказались на подобающих им местах, брошюрки, возбудившие тревогу и подозрения местных священников, оказались самыми невиннейшими книжками, прошедшими всевозможные цензуры.
Тем не менее, однако, по настоянию духовных властей, против Рахова было возбуждено судебное преследование, и затем он был привлечен к суду; дело его рассматривались Архангельской палатой. Когда ему предложили избрать себе защитника, он отказался, заметив: "Бог защитит". К сожалению, нам не пришлось узнать, как именно было сформулировано обвинение против Рахова, но судом, как мы уже упоминали выше, он был оправдан, так как ровно ничего преступного в его действиях суд не нашел.
Местная администрация, во главе с губернатором А. П. Энгельгардтом, также ничего не имела против Рахова и его деятельности. Но архангельское епархиальное начальство, очевидно, было на этот счет другого мнения, так как нашло необходимым возбудить ходатайство о ссылке и заключении Рахова в Суздальский Спасо-Евфимиев монастырь. Ходатайство это было немедленно уважено и в октябре месяце 1894 года в Архангельске получилось из Петербурга распоряжение об отправке Рахова в Суздальскую монастырскую тюрьму.
Немедленно же по получении в Архангельске распоряжения о ссылке в монастырь Рахова, последний был арестован и заключен в тюремный замок, к великому ужасу его отца и матери. Затем с первым же этапом, 20-го октября, в 8 часов утра, Рахов был отправлен в г. Суздаль, при чем ему не разрешено было проститься даже с родной матерью и отцом.
Ссылка в монастырь единственного сына, на которого семьей возлагались все надежды, страшно сразила и потрясла как старика отца, так и его жену. Последняя не перенесла удара: она слегла в постель и, прохворав около трех месяцев, умерла «от скорби» 10-го февраля 1895 года. Со смертью жены старик остался одиноким бобылем. С горечью, хотя и без малейшей тени озлобления, жаловался он на тяжелый удар судьбы, поразивший его семью. Убитый горем отец, между прочим, с тревогой высказывал предположение, что одиночное тюремное заключение может особенно сильно повлиять на мистически настроенное воображение его сына и даже может повлечь за собою полное душевное расстройство его, тем более, что ранее в молодости он уже перенес приступ психической болезни.
Несчастный старик всю надежду возлагал на прошения, которые он подавал разным высокопоставленным лицам и в которых он умолял об освобождении его сына из монастырской тюрьмы и об отдаче его ему на поруки… Увы! надежде этой не суждено было осуществиться: старик умер, так и не дождавшись освобождения сына из монастырского каземата.