Одним из первых он взялся за разработку основ тактики паровых броненосных флотов, пришедших на смену парусным. В России его «Тактика» так и не была издана при жизни адмирала, однако её перевели на другие языки, и способные ученики очень даже нашлись — одним из них был японский морской офицер Хейхациро Того. И первым в мире Макаров применил на практике последнюю военно-морскую техническую новинку того времени — самодвижущуюся мину (торпеду) Уайтхеда.
Позор поражения в Крымской войне, когда русский флот, едва смыв с бортов пороховую гарь Синопа, вынужден был затопиться в севастопольской бухте, бессильный противостоять паровым линейным кораблям англичан и французов, жёг сердца патриотов — и Макарова в том числе. Андреевский флаг, впитавший славу Гангута, Чесмы и Наварина, на двадцать лет был изгнан с Чёрного моря. И поэтому в очередной русско-турецкой войне 1877–1878 годов броненосному флоту турок, состоявшему из выстроенных с английской помощью мониторов, противостояли только быстроходные пароходы Добровольного флота, переоборудованные во вспомогательные крейсера.
Макаров командовал тогда пароходом «Константин» с четырьмя минными катерами на борту. Экипажи утлых судёнышек с мужеством камикадзе били в борта турецких кораблей шестовыми минами, а в ночь на 14 января 1878 года спущенные с «Константина» катера «Чесма» и «Синоп» атаковали двумя торпедами стоявший на рейде Батума турецкий сторожевой пароход «Интибах». Обе самодвижущиеся мины попали в цель, «Интибах» затонул, открыв собой длинный — из тысяч и тысяч кораблей и судов — список жертв торпедного оружия, далее непрерывно пополнявшийся в ходе всех войн на море.
И теперь, прибыв на Дальний Восток, адмирал взялся за дело со всей присущей ему энергией. Он организовал траление, разведку и дозорную службу, налаживал взаимодействие флота и берега. Выставлялись линии оборонительных минных заграждений, оборудовались новые береговые батареи, прожекторные посты и посты связи. Всю эскадру изумил поступок Макарова, когда адмирал лично вышел в море на быстроходном не бронированном лёгком крейсере «Новик» на помощь к погибавшему в неравном бою миноносцу «Стерегущий».
Макарова отнюдь не гипнотизировало превосходство японского флота в силах, он совсем не считал русскую эскадру неспособной противостоять противнику и намеревался предложить Того генеральное сражение сразу после введения в строй повреждённых 27 января кораблей. А пока командующий русской эскадрой придерживался активно-оборонительной тактики, призванной сорвать переброску японских войск на материк и держать их флот в постоянном напряжении. В море чуть ли не каждую ночь направлялись отряды миноносцев, владивостокский отряд в составе броненосных крейсеров «Россия», «Громобой» и «Рюрик» получил приказ развернуть широкую рейдерскую войну против судоходства противника (для чего, собственно, эти корабли и были построены).