Казачьи городки подвергались частым нападениям и в борьбе с кочевниками несли большие потери, но они всегда находили достаточно сил и средств для отражения нападавших.
Количество боевого состава донских казаков в 16 веке было около 20 тысяч. Из этого количества в самостоятельные походы или в составе московских войск уходило не больше 2/3, а одна треть оставалась на Дону для защиты своих земель, и для замены полевых полков после трехлетнего пребывания их в походе. Казаки справлялись со своей задачей и в течение всего времени своего независимого существования никогда не обращались за военной помощью к московскому правительству. Помощь, которой пользовались казаки от Москвы, были военные припасы: порох, свинец, хлеб, сукно, деньги. Ввиду того, что казачьи области управлялись «Особым Положением» и несли тяжелые служебные повинности, полноправными гражданами в областях были только казаки. Среди казаков жило много неказачьего населения, но оно находилось на положении «иногороднего» и не пользовалось правами казаков.
Донское войско, как и другие, делилось на военные округа, станицы и хутора, во главе которых стояли соответствующие атаманы. Иногороднее население не состояло на учете казачьих властей и находилось под управлением уездных начальников, через которых входило в систему общероссийского управления.
Ввиду условий военной службы, отрывавшей казаков от домашнего быта, лишавшей их возможности заниматься другим трудом, кроме земледелия и скотоводства, вое работы ремесленного характера и торговля находились в руках «иногородних».
Внутренние изменения в казачьем быту начались после того, как они в 1671 году принесли присягу на службу московскому царю, чем поставили себя в полную зависимость от Москвы. До начала 18 века казачьи области управлялись атаманами, выбиравшимися общим голосованием всех казаков на один год; со времени царствования Петра I порядок этот был изменен, и казаки должны были представлять имена трех кандидатов на утверждение императора, из которых один утверждался по его усмотрению. Общеказачьи войсковые собрания или Войсковые Круги были запрещены, и вместо них от округов и станиц посылались выборные представители.
В царствование императора Николая Павловича порядок этот тоже был изменен и атаманом всех казачьих войск был поставлен наследник престола, а на местах ставились его представители, получившие название «наказных атаманов». Они назначались «высочайшей» властью и из лиц неказачьего происхождения — атаманы войска казачьего сословия были запрещены. Казачьего сословия оставались окружные атаманы, назначавшиеся наказными атаманами, и выборное начало сохранилось лишь для станичных и хуторских атаманов.