В это время в Сингапуре все еще оставался небольшой японский флот. А австралийским войскам необходимо было срочно овладеть богатым нефтью и каучуком островом Борнео, чтобы японцы не успели там уничтожить ценные стратегические материалы или даже вывезти их в Японию, несмотря на блокаду.
На острове Борнео было намечено 3 района для высадки десантов. Произведенные аэрофотосъемки показали, что в 2 из этих районов имеются прочные заграждения. 11-й команде предстояло уничтожить их. Теперь же, после несчастного случая с транспортом «Клайн», она была лишена возможности принять участие в подготовке первой десантной операции на острове Таракан. Поэтому уничтожение прочных заграждений на острове, состоящих из тысяч деревянных столбов и железных рельсов, вбитых сплошными рядами в грунт на побережье, было возложено на австралийских саперов. Но им никогда раньше не приходилось выполнять подобные задания. Они действовали совсем не так, как американские боевые пловцы, методы которых сложились в результате обобщения длительного опыта. Так, австралийские саперы приступали к подрыву препятствий без предварительной их разведки; к заграждениям они приближалась прямо на десантных катерах; выполняли работу в дневное время без достаточной огневой поддержки, а когда ставилась дымовая завеса, то она им только мешала. Проработав по пояс в воде и в прибрежной грязи до полудня, те же люди выходили на работу и во второй половине дня. В конечном счете им удалось проделать в заграждениях 8 узких проходов — всего лишь по 12 м шириной. Крайне измученные, они окончили эту работу без потерь в людском составе лишь потому, что японцы и не пытались оказывать им серьезного противодействия.
К счастью, противник не оказал сопротивления и позднее, когда десантные суда проходили через опасно узкие проходы и представляли собой удобные мишени для береговой артиллерии. Значительная часть десантных войск добиралась до берега вброд, вода доходила до пояса и выше, причем людям приходилось, карабкаясь, перелезать через заграждения. Японцы, засев в глубине острова, упустили удобный для них случай.
В районе Таракана находились 4 небольшие группы американских боевых пловцов, по 6 человек в каждой. Пловцы получили подготовку в Форт-Пирсе. Начальниками групп были старшие лейтенанты Ф. Кайн, Л. Андерсен, Б. Калвер и старшина Дж. Шиннер. Все группы имели опыт подводных подрывных работ: они прокладывали проходы через рифы и песчаные отмели на островах в юго-западной части Тихого океана вплоть до Новой Гвинеи, затем на острове Лейте и в южной части Филиппин. Но эти группы действовали лишь после высадки десантных войск. На острове Таракан комендант района высадки десантов вызвал их в день начала операции, но уже после того, как десантные войска вышли на берег, и приказал расчистить 3 полосы заграждений, оставшиеся между узкими проходами, проложенными австралийскими саперами. Эти заграждения состояли из сплошных рядов свай, бревенчатых плотов, железнодорожных рельсов и столбов крепких пород дерева. Боевые пловцы указанных групп полностью расчистили участки в тот же день.