После первой массовой выгрузки содержимого реактора в ноябре 1948 года появилась техническая возможность произвести массовую замену всей тысячи технологических труб на новые. Анодированные трубы были заранее заказаны. Изготовление их планировалось на одном из заводов Министерства авиационной промышленности. Но заказ не был выполнен к моменту перегрузки реактора. Что прикажете делать? Держать остановленным несколько месяцев реактор в ожидании подхода новых анодированных труб или произвести новую массовую загрузку блочков в старые трубы? Спецкомитет не мог ждать. По существу, вторая загрузка урана означала возможность получения плутония для второй — резервной — бомбы. После озлобленного и крикливого совещания в СК было принято решение провести загрузку в старые трубы (авось простоят еще одну кампанию в пять месяцев), а Хруничева, министра авиационной промышленности, Берия несколько раз предупредил толстым указательным пальцем. Это было вынужденное и все-таки ошибочное решение, с которым Курчатову приказали согласиться.
На новую загрузку реактора «А» пошел весь имевшийся в стране накопленный запас металлического урана. Результат был печален.
В конце декабря 1948 года началась массовая протечка труб и замачивание кладки. Физические параметры реактора день ото дня ухудшались Запас реактивности таял на глазах. Резко возрос риск очередных «закозлений». В начале января Музруков запросил в ПГУ разрешение на внеплановый капитальный ремонт реактора для замены труб. Ванников колебался. Берия настаивал на продолжении работы во что бы то ни стало. Курчатов пытался объяснить наверху: рискуем испортить весь графит, вообще вывести из строя котел. Ответ из Москвы был тем же: «Продолжайте работать!».
Хруничев крутился как белка в колесе. Анодированные трубы были на подходе.
18 января 1949 года Курчатов потребовал остановки реактора в ультимативной форме. Ничего другого ему не оставалось. Защитные поглощающие стержни были уже почти полностью извлечены из активной зоны. Коэффициент размножения в сборке в любую минуту мог перейти границу и опуститься ниже единицы. Это означало бы, что цепная реакция в котле прекратится. Заглохнет сама по себе, независимо от приказов Берия и решений Специального комитета.
20 января 1949 года на комбинат была отгружена первая партия анодированных труб. Музрукову разрешили остановить реактор на капитальный ремонт. Вопрос стоял таким образом: как заменить все технологические трубы, сохранив при этом находящиеся в них урановые блочки, еще недооблученные до кондиции. Ведь нового урана в стране не было! Массовую разгрузку каналов в нижний подземный бункер, как это было предусмотрено проектом и выполнено конструктивно, произвести было невозможно. Проблема заключалась в том, что процесс разгрузки технологического канала не ограничивался открытием нижнего подпятника и свободным полетом урановых блочков в приемный бункер. Это технологический тракт: канал — шахта разгрузки — кюбель — бассейн выдержки и т. д. Проходя весь этот путь, урановые блочки соударяются между собой, со стенками бункера и кюбеля. Герметичная защитная оболочка нарушается. Все эти механические дефекты не имеют особого значения, если блочки идут дальше на радиохимическую переработку. Но для новой загрузки в реактор — после замены труб — такие блочки являлись бы абсолютно недопустимым браком. Их повторная загрузка привела бы к массовым «козлам» или даже частичному оплавлению активной зоны. Такой вариант разгрузки был категорически отклонен Курчатовым с самого начала.