По усмирении бунта в Москву был прислан князь Г. Г. Орлов; он приехал в столицу 26 сентября, когда стояли ранние холода и чума заметно уже ослабевала. Вместе с Орловым прибыли команды от четырех полков лейб-гвардии с необходимым числом офицеров. По приказу Орлова состоялось 4 октября торжественное погребение убитого Амвросия.
Префект Московской академии Амвросий на похоронах сказал замечательное слово. В течение целого года покойного поминали во все службы, а убийцам возглашалась анафема. Убийцы Амвросия Василий Андреев и Иван Дмитриев были повешены на том самом месте, где совершено убийство. К виселице были приговорены еще двое – Алексей Леонтьев и Федор Деянов, но виселица должна была достаться одному из них по жребию; остальные шестьдесят человек купцов, дьячков, дворян, подьячих, крестьян и солдат было приказано бить кнутом, вырезать ноздри и сослать в Рогервик на каторгу; захваченных на улице малолетних приказано было высечь розгами, а двенадцать человек, огласивших мнимое чудо, велено сослать вечно на галеры с вырезанием ноздрей.
И с этих же дней вышел приказ прекратить набатный звон по церквам и ключи от колоколен иметь у священников. Казнь над преступниками была совершена 21 ноября. По приезде в Москву Орлов многими благоразумными мерами способствовал окончательному уничтожению этой гибельной эпидемии и восстановлению порядка. Он с неустрашимостью стал обходить все больницы, строго смотрел за лечением и пищей, сам глядел, как сжигали платье и постели умерших от чумы, и ласково утешал страждущих. Несмотря на такие высокочеловеческие меры, москвичи смотрели на него недружелюбно и на первых же порах подожгли Головинский дворец, в котором он остановился.
Но вскоре народ оценил его заботы и стал охотно идти в больницы и доверчиво принимать все меры, вводимые Орловым. По истечении месяца с небольшим после его приезда государыня уже писала ему, что он «сделал все, что должно было истинному сыну отечества, и что она признает нужным вызвать его назад».
Около 16 ноября Орлов выехал из Москвы; от шестинедельного карантина в городе Торжке императрица освободила его собственноручным письмом. Въезд Орлова в Петербург отличался необыкновенной торжественностью; в Царском Селе, на дороге в Гатчину, ему были выстроены триумфальные ворота из разноцветных мраморов по рисунку архитектора Ринальди; вместе со множеством пышных надписей и аллегорических изображений на воротах красовался следующий стих тогдашнего поэта В. И. Майкова: «Орловым от беды избавлена Москва».
В честь Орлова была выбита медаль, на одной стороне которой он был изображен в княжеской короне, на другой же представлен город Москва, и впереди – в полном ристании на коне сидящий, в римской одежде князь Орлов, «аки бы в огнедышащую бездну ввергающийся», в знак того, что он с неустрашимым духом, за любовь к отечеству и для спасения Москвы живота своего не щадил. Кругом надпись: