В результате реорганизации руководство работами было сосредоточено в руках небольшой группы, в которую входили Буш, Конант, Бриггс, Комптон, Юри, Лоуренс и Мерфи. Причем Комптон, Лоуренс, Юри и Мерфи отвечали только за свои разделы программы.
17 июня 1942 г. Буш представил президенту доклад, в котором изложил план расширения проекта по созданию атомной бомбы. В докладе содержались следующие положения:
1. Несколько килограммов урана-235 или плутония-239 представляют собой взрывчатку, эквивалентную по мощи нескольким тысячам тонн обычных взрывчатых веществ. Такую бомбу можно взрывать в нужный момент.
2. Существует четыре практически осуществимых метода получения делящихся веществ: электромагнитное разделение урана, диффузионное разделение урана, разделение урана на центрифугах с получением делящегося изотопа урана-235, а также получение плутония-239 с помощью цепной реакции. Нельзя определенно утверждать, что какой-то один из этих методов окажется лучше других.
3. Можно проектировать и строить довольно крупные промышленные установки.
4. При наличии фондов и прерогатив программу действий, по-видимому, необходимо начать по возможности скорее, чтобы она приобрела военное значение.
Одобренные президентом материалы были возвращены Бушу. Рузвельт отдал приказ немедленно начать работы по созданию атомной бомбы.
Летом 1942 г. проект был передан в ведение армии. 18 июля 1942 г. полковник Дж. Маршалл получил указание для выполнения специальной работы образовать новый округ инженерных войск, для чего предстояло провести огромный комплекс организационных мероприятий, исследовательских и промышленных работ. Всему этому придаются кадры ученых, лаборатории, промышленные установки, разведывательные органы.
Округ был официально учрежден 13 августа 1942 г. и назван Манхэттенским. Работа, которая здесь производилась, в целях секретности была названа Проектом ДСМ (разработка заменяющих материалов).
Руководителем проекта был назначен 46-летний бригадный генерал инженерных войск Л. Гровс, не имевший ничего общего с ядерной физикой. Он хорошо разбирался в строительных работах, промышленных проблемах, производственных графиках, финансовых вопросах, знал мир промышленных дельцов. Его крутой нрав был известен 30-тысячной армии мобилизованных рабочих — строителей армейских казарм и здания военного ведомства Пентагона. Это был типичный представитель когорты «надзирателей в погонах», которых американское правительство наделяло чрезвычайными полномочиями и назначало на посты руководителей различных учреждений Манхэттенского проекта. Он не имел опыта общения с учеными, названными им в речи, с которой он выступил в Лос-Аламосе через несколько месяцев после назначения, «дороговатыми чокнутыми котелками».