Заместителями Л. Гровса были назначены генерал Т. Фарелл и полковник К. Николе.
23 сентября 1942 г. состоялось совещание лиц, назначенных Рузвельтом для выработки общей политики в осуществлении проекта. На совещании присутствовали военный министр Г. Стимсон, начальник генерального штаба генерал Дж. Маршалл, Дж. Конант, доктор В. Буш, генерал-майор Б. Сомервелл, генерал-майор В. Стайер и бригадный генерал Л. Гровс. Был создан Комитет военной политики, состоявший из Буша (председатель), Конанта, Стайера и контр-адмирала Парнелла. Генералу Гровсу было поручено присутствовать на заседаниях комитета и действовать в качестве уполномоченного по осуществлению намеченной политики.
Все руководящие посты в учреждениях, занятых выполнением атомного проекта, с самого начала его осуществления были отданы представителям финансовых групп Моргана, Дюпона, Рокфеллера, Меллона.
В США выросли большие «атомные» города. В долине реки Теннесси возник город Ок-Ридж с 79 тыс. жителей. На предприятиях этого города из урановой руды получали уран-235 — заряд для атомной бомбы. В бесплодной унылой пустыне па южном берегу реки Колумбия появился город Хэнфорд, где уран-238 превращали в другое ядерное взрывчатое вещество — плутоний.
При выборе участков для строительства заводов и лабораторий руководствовались в первую очередь соображениями секретности, что создавало особые трудности при поисках участка для лабораторий, где должны были проводиться исследования, связанные с созданием бомбы. Решено было строить лабораторию в уединенном месте. В ноябре 1942 г. для постройки был выбран участок в Лос-Аламосе (штат Нью-Мексико), расположенный па плато недалеко от Санта-Фе. Преимущество этого места состояло в наличии большой площади для проведения испытаний.
Единственное здание — Лос-Аламосской школы — находилось на краю плато, на высоте около 2200 м. Позади него простирались сосновые леса, луга, вздымались высокие горы; перед ним плато неожиданно обрывалось, и открывался вид на долину реки Рио-Гранде. Долина была почти пустынной, только вдоль реки тянулась плодородная полоска земли, на которой изредка встречались индейские поселки. Линия горизонта за долиной прерывалась горной цепью. Плато было изрезано глубокими каньонами, где со временем расположились специальные лаборатории.
В Лос-Аламосе были построены сотни лабораторий, в которых занимались проблемами собственно бомбы, ее конструкции, расчетом критической массы и способами взрыва.
Осенью 1942 г. генерал Гровс предложил Р. Оппенгеймеру возглавить работы по созданию атомной бомбы.