Поместный Собор образовал два органа коллегиального управления Церкви в промежутках между Соборами: Священный Синод и Высший Церковный Совет. К компетенции Синода были отнесены дела иерархическо–пастырского, вероучительного, канонического и литургического характера, а в ведение Высшего Церковного Совета — дела церковно–общественного порядка: административно–хозяйственные и школьно–просветительские. И наконец, особо важные вопросы — о защите прав Церкви, о подготовке к предстоящему Собору, об открытии новых епархий — подлежали совместному решению Священного Синода и Высшего Церковного Совета.
В состав Синода входили, помимо его Председателя–Патриарха, 12 членов: митрополит Киевский по кафедре, 6 архиереев по избранию Собора на три года и пять епископов, вызываемых по очереди на один год. Из 15 членов Высшего Церковного Совета, возглавляемого, как и Синод, Патриархом, три архиерея делегировались Синодом, а один монах, пять клириков из белою духовенства и шесть мирян избирались Собором. Выборы членов высших органов церковного управления состоялись на последних заседаниях первой сессии Собора перед его роспуском на рождественские каникулы.
Поместный Собор избрал в Синод митрополитов Новгородского Арсения, Харьковского Антония, Владимирского Сергия, Тифлисского Платона, архиепископов Кишиневского Анастасия (Грибановского) и Волынского Евлогия.
В Высший Церковный Совет Собор избрал архимандрита Виссариона, протопресвитеров Г. И. Шавельского и И. А. Любимова, протоиереев А. В. Санковского и А. М. Станиславского, псаломщика А. Г. Куляшова и мирян князя Е. Н. Трубецкого, профессоров С. Н. Булгакова, Н. М. Громогласова, П. Д. Лапина, а также бывшего министра исповеданий Временного правительства А. В. Карташова и С. М. Раевского. Синод делегировал в Высший Церковный Совет митрополитов Арсения, Агафангела и архимандрита Анастасия. Собор избрал также заместителей членов Синода и Высшего Церковного Совета.
13 (26) ноября Собор приступил к обсуждению доклада о правовом положении Церкви в государстве. По поручению Собора профессор С. Н. Булгаков составил Декларацию об отношениях Церкви и государства, которая предваряла „Определение о правовом положении Церкви в государстве“. В ней требование о полном отделении Церкви от государства сравнивается с пожеланием, „чтобы солнце не светило, а огонь не согревал. Церковь, по внутреннему закону своего бытия, не может отказаться от призвания просветлять, преображать всю жизнь человечества, пронизывать ее своими лучами“. Мысль о высоком призвании Церкви в государственных делах лежала в основе правового сознания Византии. Древняя Русь унаследовала от Византии идею симфонии Церкви и государства. На этом фундаменте строилась Киевская и Московская держава. При этом Церковь не связывала себя с определенной формой правления и исходила всегда из того, что власть должна быть христианской. „И ныне, — сказано в документе, — когда волею Провидения рушится в России царское самодержавие, а на замену его идут новые государственные формы, Православная Церковь не имеет определения об этих формах со стороны их политической целесообразности, но она неизменно стоит на таком понимании власти, по которому всякая власть должна быть христианским служением“. Меры внешнего принуждения, насилующие религиозную совесть иноверцев, признаны были несовместимыми с достоинством Церкви.