Острый спор возник вокруг вопроса о предполагавшемся в проекте „Определения“ обязательном Православии Главы государства и министра исповеданий. Член Собора профессор Н. Д. Кузнецов сделал резонное замечание: „В России провозглашена полная свобода совести и объявлено, что положение каждого гражданина в государстве… не зависит от принадлежности к тому или иному вероисповеданию и даже к религии вообще… Рассчитывать в этом деле на успех невозможно“. Но предостережение это не было учтено.
В окончательном виде „Определение“ Собора гласит: „1. Православная Российская Церковь, составляя часть Единой Вселенской Христовой Церкви, занимает в Российском государстве первенствующее среди других исповеданий публично–правовое положение, подобающее ей как величайшей святыне огромного большинства населения и как величайшей исторической силе, созидавшей Российское государство.
2. Православная Церковь в России в учении веры и нравственности, богослужении, внутренней церковной дисциплине и сношениях с другими автокефальными Церквами независима от государственной власти…
3. Постановления и указания, издаваемые для себя Православной Церковью, равно как и акты церковного управления и суда, признаются государством имеющими юридическую силу и значение, поскольку ими не нарушаются государственные законы…
4. Государственные законы, касающиеся Православной Церкви, издаются не иначе, как по соглашению с церковной властью…
7. Глава Российского государства, министр исповеданий и министр народного просвещения и товарищи их должны быть православными…
22. Имущество, принадлежащее установлениям Православной Церкви, не подлежит конфискации и отобранию…“
Отдельные статьи „Определения“ носили анахронический характер, не соответствуя конституционным основам нового государства, новым государственно–правовым условиям, и не могли претвориться в жизнь. Однако в этом „Определении“ содержится бесспорное положение о том, что в делах веры, своей внутренней жизни Церковь независима от государственной власти и руководствуется своим догматическим учением и канонами.
Деяния Собора совершались и в революционное время. 25 октября (7 ноября) пало Временное Правительство, в стране была установлена Советская власть. 28 октября в Москве разразились кровавые бои между занимавшими Кремль юнкерами и повстанцами, в руках которых был город. Над Москвой стоял грохот пушек и треск пулеметов. Стреляли во дворах, с чердаков, из окон, на улицах лежали убитые и раненые.
В эти дни многие члены Собора, приняв на себя обязанность медбратьев, ходили по городу, подбирая и перевязывая раненых. Среди них были архиепископ Таврический Димитрий (князь Абашидзе) и епископ Камчатский Нестор (Анисимов). Собор, стремясь остановить кровопролитие, направил делегацию для переговоров с Военно–революционным комитетом и комендатурой Кремля. Делегацию возглавил митрополит Платон. В штабе Военно–революционного комитета митрополит Платон просил прекратить осаду Кремля. На это получил ответ: „Поздно, поздно. Не мы испортили перемирие. Скажите юнкерам, чтобы они сдавались“. Но в Кремль делегация не смогла проникнуть.