С началом второй мировой войны и объявления на военном положении почти всей Европейской части Советского Союза деятельность нормальных гражданских судов, по существу, совершенно прекратилась. Почти по всему СССР народные и областные суды были упразднены и взамен их были образованы областные и районные военные трибуналы. Деятельность этих трибуналов протекала под непосредственным контролем органов НКГБ и они только формально подчинялись Народному Комиссариату Юстиции. Это касалось тылов Советского Союза, а во фронтовой полосе все судопроизводство было в руках Особых отделов армий, т. е. фактически в руках того же НКГБ.
Во второй период войны началась большая работа по очищению от "контрреволюционного элемента" территорий, бывших под немецкой оккупацией, а с ее окончанием началась проверка депортированных немцами советских граждан. Вся эта работа была проведена органами Министерства Государственной Безопасности. Народный Комиссариат Внутренних дел был в 1941 году разделен на Народный Комиссариат Государственной Безопасности (НКГБ) и Народный Комиссариат Внутренних дел (НКВД).
Во второй период войны Президиумом Верховного Совета СССР был издан указ от 19 апреля 1943 года, вводивший новые меры наказания -- смертную казнь через повешение и каторжные работы. Этот указ получил особо широкое применение. Меры репрессий по этому указу осуществлялись, главным образом, органами Министерства Государственной Безопасности, т. е. его "Особым Совещанием", и, в значительно меньшей степени, военными трибуналами, находившимися также под фактическим контролем МГБ. Следствие по всем этим делам велось исключительно в МГБ.
Расширенное толкование о применении указа от 19 апреля 1943 года органами МГБ приняло исключительные размеры. В подавляющем большинстве случаев применение на практике этого закона ничего общего с действительным содержанием и назначением указа от 19 апреля 1943 года не имело. Всякое малейшее соприкосновение советских граждан с немцами в занятых ими областях квалифицировалось военными трибуналами и органами МГБ как "пассивная измена" или "сотрудничество с немцами". Такие "преступления" как стирка белья немцам или работа на немецкой кухне или уборка помещений, занятых немцами, подводились под действие этого указа. Осуждались за эти "преступления" обычно женщины и подростки которые, чтобы не умереть с голоду, были принуждены работать у немцев. Они за это признавались "пособниками преступников войны" и приговаривались по указу к каторжным работам в лагерях на срок до 20 лет. Лица же, в действительности имевшие какое-либо отношение к управлению, организованному немцами в оккупированных областях (старосты, бургомистры и т. д.), приговаривались к смертной казни через повешение.