Сам Дарвин не сделал, однако, вытекавших из его открытий антирелигиозных выводов. Это сделал один из его друзей и ближайших последователей, выдающийся английский биолог Томас Генри Гексли (1825–1895). В 1869 г. Гексли в диспуте с епископом Уильберфорсом подверг с научных позиций сокрушительной критике один из основных устоев религиозного миропонимания — веру в божественное творение человека. И хотя Гексли называл себя агностиком, его агностицизм был своеобразным, ибо он утверждал, что бытие бога не может быть познано и доказуемо как научная истина. С точки зрения ученого, это было достаточным для исключения бога как объекта достоверного познания. По сути дела, «агностицизм» Гексли был, по выражению Энгельса, «стыдливым материализмом» или, по словам Ленина, «фиговым листком», прикрывающим естественнонаучный материализм, не оставляющим в картине природы места для бога.
Еще большую роль в защите и распространении атеизма сыграл другой единомышленник и соратник Дарвина — знаменитый немецкий биолог Эрнст Геккель (1834–1919), самостоятельно пришедший к созвучному дарвинизму строю научных мыслей и сделавший из них должные атеистические выводы. В своей «Естественной истории творения» (1868) он доказывал никчемность и несостоятельность допущения сверхъестественного начала для уяснения возникновения и эволюции живых существ, обосновывая автогенез жизни из неживой материи. Дарвин высоко оценил работу Гекке–ля. Он писал: «Почти все выводы, к которым я пришел, подтверждаются этим исследователем, познания которого по многим вопросам богаче моих».
Философской основой биологических теорий Геккеля был естественнонаучный материализм, хотя не вполне последовательный, но гораздо более четкий, нежели в воззрениях Гексли. Свое учение Геккель называл «монизмом», утверждая естественное единство мира, не допускающее никакого сверхъестественного начала. Он не только укрепил естественнонаучные посылки атеистического миропонимания, но сделал из них прямые антирелигиозные выводы, энергично выступая с пропагандой воинствующего атеизма. В своей критике религиозных верований он не останавливается перед резкими, язвительными выступлениями, насмехаясь над созданным людьми образом бога, как «газообразным позвоночным», решительно отвергая христианские догмы о бессмертии души и загробной жизни.
Особенно велико для атеистической пропаганды было влияние работы Геккеля «Мировые загадки» (1899). Как писал В. И. Ленин, «сотни тысяч экземпляров книги, переведенной тотчас же на все языки, выходившей в специально дешевых изданиях, показали воочию, что книга эта «пошла в народ», что имеются массы читателей, которых сразу привлек на свою сторону Э. Геккель… Профессора философии и теологии всех стран света принялись на тысячи ладов разносить и уничтожать Геккеля… Нет такой бешеной брани, которой бы не осыпали его казенные профессора философии. Весело смотреть, как у этих высохших на мертвой схоластике мумий–может быть, первый раз в жизни–загораются глаза и розовеют щеки от тех пощечин, которых надавал им Эрнст Геккель» (Ленин В. И. Поли, собр. соч., т. 18, с. 370–371).