Художник – зеркало своего времени и окружения. Вернувшись во Флоренцию, Микеланджело увидел, что многое изменилось. Число приверженцев Савонаролы росло день ото дня. Процессии кающихся тянулись через весь город. К ним присоединялось все больше людей. Чума и голод собирали свой щедрый урожай, и среди всеобщего запустения звучал резкий голос Савонаролы, призывающий к высоконравственному поведению и заставляющий покаяться. Сам Савонарола считал себя орудием Господа, но в глазах большинства людей доминиканец был пророком. Трижды из Рима папа предупреждал, что Савонароле следует прекратить свои нападки на Церковь и папство. Наконец, Александр Борджиа отлучил его от Церкви. Но это вызвало только еще больший гнев и более жестокие нападки проповедника. Папская булла не была для него указом. Он не подчинился требованиям замолчать, наоборот, теперь он вещал и об упадке морали при дворе папы, призывая того образумиться. Брат Джироламо обвинял папу в том, что он продает духовные должности. Вскоре его бросили в тюрьму, где подвергали пыткам. Он не избежал суда инквизиции. Папа велел перевезти его в Рим, но затем передумал и отправил посланника во Флоренцию, чтобы тот зачитал смертный приговор. В день Вознесения в 1498 году Савонаролу предали сожжению на площади, перед зданием правительства.
Микеланджело не было в толпе зевак, наблюдавших за костром. Он оставался в Риме. Хотя он и не видел ужасающего пламени собственными глазами, ранимого художника должна была задеть человеческая подлость, которая проникает даже в сердца самых праведных из всех праведников. Но именно они давали Микеланджело работу и хлеб. Так его душу наполнили противоречия.
Микеланджело чаще творил как скульптор, а не как художник. Три панорамы с изображением Мадонны – вот и все произведения живописи, которые он создал за эти годы. Пугало ли его сравнение с Леонардо, Перуджо и Рафаэлем – нам неизвестно. Не было ничего странного в том, что папа Юлий II снова призвал его в Рим как скульптора. Папа Юлий был скорее солдатом, чем пастырем, скорее политиком, чем священником» скорее жестким, нежели мягким. И совсем необычно было то, что он любил искусство и восхищался творениями художников, как и собственным мечом.
Один из художников обратил внимание Юлия II на молодого флорентийца, и папа отослал Микеланджело сотню скудо на дорогу, чтобы только познакомиться с ним. И лишь позже ему пришла идея изваять надгробие, собственное надгробие в соборе Святого Петра. Но сотрудничество папы и Микеланджело встречало сложности: бескомпромиссность заказчика и своенравие художника. Микеланджело вскоре заговорил о том, что если он даже на день задержится в Риме, то ему придется ваять надгробие себе, а не папе. В гневе он оставил столицу. Он вынужден был взять в долг огромные суммы, чтобы оплатить камень и дать деньги рабочим. Кондиви, один из учеников, позднее говорил о «трагедии надгробия». Сам художник в то время полагал, что «лучше бы он в детстве научился делать спички»; тогда не пришлось бы испытывать подобного разочарования. Папа разгневался. Однако обещал не прибегать к репрессиям, если Микеланджело вернется. Скульптор тогда всерьез задумывался о том, чтобы отбыть в Константинополь и остаток жизни служить султану. Работы у того было достаточно: султан планировал возводить мост через залив Золотого Рога, из Константинополя в Перу. И вот папа и Микеланджело встретились в Болонье, которую Юлий II захватил с пятью сотнями рыцарей. Его Святейшество заказал бронзовую статую высотой в четыре метра, которую получилось отлить лишь со второго раза. Об этой скульптуре известно лишь то, что через три года в город возвратилась царственная семья и статуя была разбита. Обломки ее пошли на отлив пушек.