С другой стороны, для самих коммунистов смерть Яна Масарика стала неожиданностью, и им понадобилось какое-то время, чтобы подготовить официальное объяснение случившемуся. Вполне понятно, что они не могли позволить говорить об убийстве или даже о попытке к побегу на Запад. Поэтому смерть Яна объявили самоубийством и одновременно развернули пропагандистскую компанию по причастности западных спецслужб к смерти видного политического деятеля Чехословакии. Во время похорон, когда улицы Праги заполнили сотни тысяч людей, Готвальд заявил, что в смерти Яна виновны его многочисленные знакомые на Западе, которые довели его до самоубийства своими проклятиями за то, что он остался в составе нового коммунистического правительства. Такая интерпретация происшедшему уже была высказана Nosek в его обращении к Парламенту Чехословакии, и её быстро подхватили коммунистическая пресса, радио и разнесли по всему миру. Коммунисты пошли так далеко, что даже поспешно выпустили в свет новую версию «История счастливого Honza», популярной чешской сказки, в которой Ян, узнав о предательстве своих западных друзей, нашёл истину и «в период самого расцвета своего народа отправился ни на Запад, ни на Восток, а в земли, откуда нет возвращения».
Эти лицемерные попытки обмануть людей не имели успеха и вскоре их прекратили. Надо отметить, что не было никакой враждебности или злой критики со стороны Великобритании, и лишь небольшая доля всего этого имела место в Соединённых Штатах, где друзья Яна прекрасно знали, что Масарик пытался спасти загубленную демократию. Более того, народ Чехословакии не дал ввести себя в заблуждение. Люди слишком хорошо знали, что он не был коммунистом. «Никто не может диктовать мне, какие книги надо читать, какую слушать музыку или с кем дружить!». Это и подобные высказывания были на слуху и говорили сами за себя. Для сына Томаша Мосарика не оказалась места в правительстве, которое захватило власть путём грубого насилия и уже начало травлю своих противников.
Во время празднования дня рождения своего отца Ян не поехал вместе с другими министрами на могилу Томаша Мосарика в замок Лани. Позже он приехал один и простоял у могилы около часа. Никто не знает, о чём он думал, и что чувствовал. Но в одном я уверен. Ян прекрасно понимал, что торжества по поводу дня рождения его отца вылились в сплошное лицемерие и служили оправданием для людей, фактически предавших его дело. Думаю, что именно тогда Ян принял окончательное решение. У меня нет сомнения,что он решил бежать на Запад. Ян дошёл до последней черты. И хотя прямых доказательств я не имею, но внутренний голос подсказывет мне, что Ян надеялся своим присутствием оказать влияние на новое Правительство, а когда его надежды не оправдались, он принёс в жертву свою жизнь в качестве протеста против надругателства над его Родиной. Как и в случае с принцем Чарлзом Эдвардом после неудачи с Сорока Пятью, он пришёл к выводу, что «быть живым и не жить, хуже, чем умереть».