Он был и изощренным изобретателем, что иногда доставляло ему неприятности. Когда его студенты ставили комедию Аристофана, Ди решил усилить постановку с помощью специальных эффектов и построил гигантского жука, который, похоже, летал.
Насекомое позабавило многих, но некоторых и испугало. Суеверные зрители вскакивали и кричали «Колдун!», когда аппарат работал.
Обвинения в колдовстве преследовали Ди всю жизнь. Однажды преследования так разъярили его, что он потребовал немедленного суда, чтобы решить вопрос раз и навсегда. Как он писал в петиции королю, суд утихомирит этих «умоповрежденных, безрассудных, подозрительных и презрительных сограждан», которые делают его жизнь столь жалкой». Он даже заявил, что с радостью перенесет битие камнями, если будут доказаны обвинения в колдовстве или заклинании дьявола.
Как ученый, он в свои двадцать лет получил международное признание и был экспертом в навигационной технике и оборудовании. Он написал учебник по математике и изобрел прибор для чтения морских карт.
Ди был личным агентом Королевы Елизаветы. Говорят, она восхищалась его глазами и так и прозвала его — «Глаза». Подписывая свои секретные послания к ней, он рисовал рядом два кружочка и делал пометки сверху и за ними, что напоминало цифру 7; возможно, это было знаком его приязни к этому счастливому числу. Получалась подпись, похожая на 007 — кодовое имя Джеймса Бонда, известного шпиона и тоже сотрудника секретной службы Ее Величества. Изучая привезенные испанцами из Мексики предметы, Ди нашел зеркало из обсидиана. Очевидно, это зеркало использовалось ацтеками для прорицаний. К удивлению своему, он видел в зеркале образы и вскоре стал использовать это открытие в работе для королевы. Она даже пришла однажды в его дом, чтобы ознакомиться с этим необычным инструментом.
Жилище его было чем-то вроде музея, библиотеки и центра исследования сознания одновременно. В доме было множество редкостей и прекрасное, одно из лучших в стране, собрание книг. Несмотря на связь с королевским домом и высокое положение в академическом мире, необразованные лондонские массы по-прежнему считали его колдуном. Завистливые члены Королевского суда спровоцировали этих суеверных на мятеж против Ди. Пока он был за границей, они напали на его дом и сожгли его. Сохранилась запись об этом событии, где говорится, что Ди наблюдав сожжение своих книг в образах обсидианового зеркала. Там же сказано, что принял он это стоически, потому что сделать ничего не мог.
В разрушенном доме у Ди была камера для зеркальных видений. Он не жалел труда, детально фиксировал свои видения в манускрипте, только часть которого сохранилась. Он описывал духов, которые сначала появлялись в зеркале, а затем возникали как бы в камере.