Бурный характер носили прения о свободе совести. Основной доклад читал князь С.Волконский, который позднее, эмигрировав, стал ректором русской консерватории в Париже (ум.1937). Человек широких взглядов, эрудированный, умеренно–консервативный представитель православной интеллигенции, князь со всей остротой поставил проблему свободы Православной Церкви. Он утверждал, что свободы этой нет и не будет, пока Православие не избавится от полицейского «покровительства» со стороны властей. Он привел ряд фактов, когда сектантов лишали родительских прав, когда привлекались к ответственности неофициальные группы по изучению Библии. Он напомнил собравшимся слова Петра I: «Совесть человеческая единому Богу токмо подлежит, и никакому государю не позволено оную силою в другую веру принуждать». Если церковные руководители и духовенство, — сказал Волконский, — не понимают необходимости свободы, то это «только доказывает внутреннюю слабость Церкви, вынужденной цепляться за постороннюю помощь и прибегать к чужим мерам, чтобы заменить бессилие своего меркнущего авторитета».
Смысл доклада не сразу был верно понят его оппонентами. Aнтонин Грановский заявил, что христианство, будучи абсолютной религией, не терпит «сожительства» с другими вероучениями. Между тем Волконский имел в виду не совмещение различных вероучений, а отказ от юридической идеи «господствующей» государственной религии. Миссионер Скворцов приводил примеры иного рода, доказывая, что законы империи достаточно толерантны к иноверию и инославию. Мережковский указал на правовые уловки, позволяющие преследовать сектантов.
Aтмосфера накалялась. «Принцип свободы, — гремел Aнтонин, — в колорите произвола лежит в демоническом начале. Отсюда возникает вопрос о компромиссе Христа с демонами». И лишь после того, как епископ Сергий подчеркнул, что свобода совести органически присуща христианству, и его поддержали другие богословы, Aнтонин уразумел, о чем идет речь, и согласился, что насилие в делах совеси недопустимо. Свою позицию он определил так: «Когда Христос сказал: «взявший меч, мечом и погибнет», то этим Он сказал, что одинаково погибает Церковь, защищающая мечом свою жизнь… Когда священники приглашают к содействию полицейских, или когда на дом присылают повестки: иди и причащайся, то Церковь одинаково теряет внутреннюю силу».
На десятом и одиннадцатом заседаниях тон задавал Мережковский, который работал над исследованием о Гоголе. Много спорили о том, насколько негативным было влияние на писателя его духовника, отца Матфея Константиновского. Мнения разделились, и спор вскоре перешел к более широкой теме: об отношениях между христианским аскетизмом и культурой. Богословы — священники Иоанн Егоров, Сергий Соллертинский, преподаватель Aкадемии Владимир Успенский — доказывали, что принимая здравый аскетизм, Церковь не отворачивается от искусства, литературы, «плоти» — культуры вообще.