Возникала, действительно, серьезная проблема. Как ее можно было решить? Радикальный способ решения этой проблемы — серьезные изменения Основных Законов России и, хотя бы, выведение законов, касающихся Церкви, из компетенции Государственной Думы и Государственного Совета с тем, чтобы Синод обсуждал какие–то вопросы, и только Государь имел бы право утверждать синодальные решения. Но такого рода изменения не были осуществлены вплоть до 1917 года, поэтому уже в 1905–1906 гг. остро встал вопрос о том, как относиться к возможности участия духовенства в деятельности Государственной Думы. Может быть, считали многие, стоит попытаться церковной иерархии принять участие непосредственно в деятельности Государственной Думы, чтобы, во–первых, как–то повлиять на ее политику в области религиозной жизни в стране, а, во–вторых, попытаться в целом внести в работу этого органа, который будет настроен радикально в политическом отношении, элементы традиционного православного понимания государственной жизни.
Второй вопрос, возникавший в связи с этим, касался того, нужно ли духовенству участвовать в деятельности политических партий? Позиция митрополита Антония (Вадковского) была в этом отношении очень определенная. Он был категорически против участия духовенства в деятельности политических партий — каких бы то ни было. Он был категорически против того, чтобы духовенство получило активное избирательное право, он признавал возможным только пассивное избирательное право. Представители духовенства могут участвовать в выборах как граждане России, но баллотироваться на выборах, выставлять свои кандидатуры они не должны иметь права. Он очень опасался, что Церковь начнут использовать различные политические силы в своих интересах, что будет предпринята попытка создать клерикальную партию. И, таким образом, если церковная иерархия будет занимать ту или иную политическую позицию, это может подорвать и без того уже не очень прочный ее авторитет в обществе.
В общем и целом нужно сказать, что позиция митрополита Антония была весьма в этом отношении последовательная и правильная. Но не все так смотрели на ситуацию. В частности, синодальные чиновники были настроены подчас иначе. И уже в 1906 году произошел конфликт, который прогремел по стране.
В 1905 году возникло несколько крайне правых монархических организаций, которые считали, что именно они выражают интересы Церкви, а значит — Церковь должна поддерживать их и всю силу своего авторитета полагать для их победы на выборах и в политической жизни страны в целом. Крупнейшая из организаций такого рода была организация «Союз Русского Народа», у которой был даже свой храм недалеко от Конюшенной площади. И в 1906 году руководитель этой партии, Дубровин, пригласил митрополита Антония освятить знамена этой организации в Михайловском манеже. Митрополит Антоний категорически отказался. В органе «Союза Русского Народа», в газете «Русское знамя», была опубликована статья с гнусной клеветой на митрополита Антония, еще несколько правых газет выступили с такими же статьями. Говорили, что он — сторонник разрушения монархии и заигрывает с либералами. Это многих возмутило, потом самому Дубровину пришлось публично приносить извинения митрополиту Антонию. Но митрополит Антоний был непреклонен. Он до конца своих дней настаивал на том, что духовенство не должно участвовать в политических партиях и даже в деятельности Государственной Думы. В 1906 году он демонстративно отказался от должности в Государственном Совете.