Вся дальнейшая деятельность митрополита Антония после 1905 года была, в основном, сконцентрирована на предсоборной работе, и, когда эта работа была искусственно прервана в 1907 году, он это очень глубоко переживал. Последние дни его жизни, а он тяжело болел несколько лет, были отмечены ощущением того, что насущнейший вопрос нашей церковной истории, вопрос о созыве Собора и восстановлении патриаршества, так и не решался.
Болезнь митрополита Антония стала усугубляться в 1910–11 годах. Последний раз он посетил Синод 16 октября 1912 года, будучи тяжело больным. Скончался же он 2 ноября 1912 года.
Его уход из церковной жизни был, конечно, очень печальным явлением, потому что личность митрополита Антония была настолько авторитетна, что во все эти годы общероссийских смут ему удавалось объединять нашу церковную иерархию, в особенности, в вопросах церковных преобразований. Он умел расшевелить пассивную массу нашего духовенства, доказать им необходимость преобразований, он умел умерять требования радикальных реформаторов, и, пока он был жив, серьезных конфликтов среди иерархии не было. Единственная сфера, в которой ему не всегда удавалось предотвратить конфликты, — это сфера политики. Тут у нас, к сожалению, началось дробление духовенства по политическим признакам, духовенство оказывалось в различных фракциях Думы и выступало не с единой церковной точки зрения, а с точки зрения своей фракции.
Хочу завершить рассказ о митрополите Антонии одним очень выразительным эпизодом. Отпевали его в Троицком Соборе Александро–Невской Лавры. Возглавлял заупокойную службу Владимир (Богоявленский), митрополит Московский, который стал его преемником на Петербургской кафедре, сослужило с ним 22 архиерея, и во второй паре архиереев на этом богослужении стояли два архиепископа: Антоний (Храповицкий) и Сергий (Страгородский). Оба они очень уважали митрополита Антония, оба были ближайшими его сподвижниками в работе Предсоборного Присутствия и, вообще, во всей предсоборной деятельности. Эти два человека, которые потом, через 15 лет, окажутся непримиримыми противниками, возглавят две основные Русские Православные церковные юрисдикции, в тот момент были рядом, и как будто с митрополитом Антонием они хоронили того иерарха, который, может быть, смог бы их примирить, доживи он до того времени. Вообще отпевание было удивительным событием: 23 архиерея, 60 архимандритов и митрофорных протоиереев, около 150 священников и иеромонахов. Почти 250 служащих священнослужителей.
16 января 1906 года Император Николай II учредил Предсоборное Присутствие. Это был орган, который должен был в течение нескольких месяцев, максимум года, подготовить созыв Поместного Собора, подготовить для этого Собора проекты основных решений, т. е. осуществить очень сложную, очень важную подготовительную богословскую и каноническую работу.