Председателем Предсоборного Присутствия был назначен митрополит Антоний, его заместителями были два других русских митрополита: Московский — Владимир (Богоявленский) и Киевский — Флавиан (Городецкий). Состояло Предсоборное Присутствие из семи отделов, каждый из которых разрабатывал свой круг вопросов.
Первый отдел разрабатывал вопросы, связанные с составом и проведением Поместного Собора. Поместный Собор не собирался у нас 200 лет. История созыва Поместных Соборов в Православной Церкви давала примеры различных процедур избрания членов Собора, различные составы членов Собора; нужно было выработать проект, по которому должен созываться Собор. Как происходят выборы членов Собора? Кто осуществляет эти выборы? В каком количестве избираются члены на этот Собор? Как Собор будет проходить? Как на нем будут рассматриваться вопросы, приниматься решения и т. д. Этот же отдел должен был разработать проекты о преобразованиях высшего церковного управления. Напомним, что церковное управление имеет три уровня: приходское, епархиальное и высшее церковное управление. Возглавлял работу отдела архиепископ Черниговский Димитрий.
Второй отдел рассматривал всю совокупность вопросов, связанных с епархиальным управлением, созданием у нас митрополичьих округов, реформой епархиального управления, с расширением прав епархиального архиерея и т. д. Одновременно этот отдел рассматривал очень сложный и окапавшийся потом весьма больным вопрос о статусе Грузинской Церкви в составе Русской Православной Церкви. Возглавлял этот отдел архиепископ Литовский Никандр.
Третий отдел занимался вопросами церковного суда. Он гоже нуждался в преобразовании. Учитывая, что каноническое право было одной из самых сложных отраслей церковной жизни, целый отдел был выделен для обсуждения вопросов, связанных с церковно–каноническими сторонами жизни. Возглавлял третий отдел архиепископ Ярославский Иаков.
Четвертый отдел рассматривал вопросы приходской жизни: новый приходской устав, вопросы о распоряжении приходским имуществом и др. Возглавлял отдел архиепископ Могилевский Стефан.
Пятый отдел рассматривал вопрос о духовном образовании. Руководил им епископ Псковский Арсений (Стадницкий). Это был известный уже к тому времени деятель в сфере духовного просвещения. Отметим, что знаменитые раскопки в Новгороде начал еще епископ Арсений (Стадницкий); он был специалистом в области археологии.
Шестой отдел рассматривал вопросы вероучения и, как вопрос принципиальный и значимый для руководителя этого отдела, вопрос о диалоге со старообрядцами. Возглавлял отдел епископ Волынский Антоний (Храповицкий). О нем мы будем с вами говорить в дальнейшем более подробно. Епископ Антоний был одним из рьяных сторонников диалога со старообрядцами и воссоединения их с Православной Церковью. Это был, действительно, очень важный вопрос. Важно, что именно епископ Антоний, который был сторонником возвращения старообрядцев в Православную Церковь, с сохранением, конечно, их богослужения, их обряда и т. д., одновременно был инициатором рассмотрения вопроса о канонизации Патриарха Никона, и материалы к его канонизации готовились к Собору 1917 года.