Уже в октябре 1917 года, за две недели до Октябрьского переворота, Собор выпустил послание, в котором по–прежнему призывал всех русских людей, ожидая созыва Учредительного собрания, не предпринимать никаких попыток захвата власти. Но тщетным был этот призыв. В процессе работы Собора, буквально в первый месяц, было поставлено три важных вопроса, которые были камнем преткновения в отношениях Временного правительства и Церкви.
На Соборе было заявлено о недопустимости правительственного законопроекта о превращении Закона Божия в необязательный предмет в школах, о нежелательности оставить четырнадцатилетний возраст как возраст, дающий право на самостоятельный выбор вероисповедания (4–е положение Закона о свободе совести). И далее настаивали на отмене закона о переходе Церковно–приходских школ в ведение Министерства народного просвещения. 11 октября 1917 года при содействии Карташева состоялась встреча представителей Собора во главе с архиепископом Тамбовским Кириллом (Смирновым), будущим митрополитом, с председателем правительства Керенским.
Обратим внимание на эту деталь: Временное правительство — «на последнем издыхании», а Собору кажется, что эти вопросы можно еще решить. Керенский обещал частично пересмотреть закон о необязательности преподавания Закона Божия в школах, обещал отменить пункт 4–й закона о свободе совести, то есть увеличить возраст выбора вероисповедания до 21 года (возраст совершеннолетия в России), но отказался пересмотреть закон о переходе церковно–приходских школ в ведение Министерства просвещения. На Соборе такая недостаточная уступчивость Керенского вызвала критику. Пройдет всего лишь месяц, и к власти придет правительство, с которым не то что переговоров никаких невозможно будет вести, а которое просто поставит своей задачей физическое искоренение Церкви.
Были сформулированы важнейшие, касающиеся Высшего Церковного Управления, вопросы первой сессии Собора, которая должна была завершиться в декабре. Главная тема заседания первой сессии Собора — это вопрос о восстановлении патриаршества и избрание Патриарха. Нужно было разработать определение о его правах и обязанностях, чтобы он мог сразу же на основе соборного решения действовать в Церкви. Кроме того, предполагалось выработать определение о соборных органах высшей церковной власти, которые будут в перерывах между Поместными Соборами помогать Патриарху в управлении Церковью. Очень легко было предположить, что вторая сессия Собора может быть сорвана, поэтому нужно было максимально разработать вопрос о Высшем Церковном Управлении и избрать не только Патриарха, но и членов новых соборных органов власти. И, наконец, на этой же сессии было решено принять определение, которое прояснило бы правовое положение Церкви в Российском государстве при любых возможных перспективах развития государственности в России. Кто бы ни пришел к власти, Церковь должна была четко — для всех возможных режимов — декларировать свою позицию по отношению к государству. Но первым был вопрос о восстановлении патриаршества.