В Москве ситуация была другой. В Москве удалось организовать какое–то сопротивление большевикам, и там шли уличные бои как раз в те самые дни, когда обсуждался вопрос о восстановлении патриаршества. В Москве впервые люди увидели, что такое гражданская война, когда большевики стали обстреливать из орудий Кремль. В Москве увидели нутро революционного народа впервые, потому что даже тех юнкеров, которые сдавались, нередко зверским образом убивали революционные массы. Собор в этой ситуации лишь обращался с призывами прекратить междоусобную брань. Когда сопротивление сторонников Временного правительства в Москве было подавлено, Собор предложил отпевать всех погибших, независимо от того, кто на чьей стороне сражался. Это была попытка какого–то умиротворения, но потом выяснилось, конечно, что все это было тщетно.
К большевикам в это время в России было несерьезное отношение: для одних это были просто авантюристы, проходимцы, которые случайно захватили власть, которые, в общем, через несколько недель, в крайнем случае, месяцев, должны сгинуть. Другие же считали, что, просто, большевики воспользовались усталостью народа, что народ придет в чувство очень быстро и большевиков перестанет поддерживать. Очень немногие понимали, какая опасность нависла над страной. На Соборе сознавали лишь одно — нужно как можно скорее в этой ситуации полной анархии принять решения, которые бы сформировали структуру Высшего Церковного Управления, чтобы Церковь ни от кого не зависела, чтобы могла самоуправляться. Поэтому, хотя определения еще не были утверждены на епископском совещании, уже 30 октября 1917 года было принято решение о немедленном избрании Патриарха. 31 октября 1917 года — день очень характерный: в Царском Селе от рук большевиков гибнет первый священномученик — протоиерей Иоанн, и в этот же день служится молебен и происходит голосование по кандидатам в Патриархи.
Система избрания Патриарха была разработана очень разумно, очень канонично, и нужно сказать, что у нас, практически, не было таких прецедентов в истории, чтобы Патриарха избрали таким образом. Предполагалось, что на Соборе будут выдвинуты кандидаты в Патриархи в неограниченном количестве, а затем начнется голосование по их кандидатурам. И голосование будет проводиться таким образом, чтобы из всех кандидатов осталось трое. Но не просто трое, которые набрали больше других голосов. По кандидатам идет голосование. Тот кандидат, который получает больше половины голосов, снимается с выборов. Вторая подача голосов — по оставшимся кандидатам — до тех пор, пока не выяснится, за кого из оставшихся кандидатов ратует большая часть Собора. Когда такой второй кандидат выявляется, его кандидатуру снимают. И третий раз голосуют, чтобы выделить третьего кандидата, которого поддерживает больше половины членов Собора.