В документе Особого Совещания синодальная система прямо называется неканоничной, ставится вопрос о немедленном созыве Поместного Собора с участием приходского духовенства и мирян. Предлагается ряд мер, направленных на децентрализацию управления (речь шла о возвращении законных права епархиальным архиереям), на улучшение положения духовенства, реформу Духовных школ.
Записка привела в ярость Константина Петровича Победоносцева по ряду причин. Во–первых, это было явным вмешательством в сферу деятельности обер–прокурора; во–вторых., Победоносцев был не только против церковных преобразований, но и против государственных, и считал Витте одним из самых зловредных государственных деятелей России. В–третьих, он был возмущен, что правительство через его голову обращается к царю по церковным вопросам. 12 марта 1905 года Победоносцев поручил обер–секретарю синодальной канцелярии Рункевичу составить возражение против записки Витте. Аргументация этого возражения была очень слаба и сводилась к попытке доказать каноничность синодальной системы.
Мнение Победоносцева было следующим: синодальная система стала органичной составной частью русской церковной жизни. И хотя он не мог не видеть противоречия между синодальной системой и канонами, он исходил из следующего: Россия идет по особому пути, синодальная система — плод самобытной жизни Русской Православной Церкви.
Действительно, Государи в России и до Петра I вмешивались в церковную жизнь. Петр это вмешательство юридически оформил, но оформил, исходя из опыта протестантских государств. Последнее обстоятельство Победоносцев игнорировал, считая, что ограничение прав Императора в церковной жизни приведет к ее разрушению. Он искренне отстаивал эту точку зрения, считая, что мир идет к концу, и любые перемены могут оказаться очень вредными. Это был консерватор, который, по характеристике К. Леонтьева, «умерщвлял все живое, что появлялось вокруг него». В то же время для народа Победоносцев был тем, кто отстаивал традиционные формы церковной жизни. В каком–то смысле слова, у него был менталитет протестанта, который ценил Православие как форму культурно–исторического самовыражения Русского народа, и это делало его, сильнейшего юриста, совершенно равнодушным к аргументам иерархов, говоривших о неканоничности синодальной системы. В ответ на возражение Победоносцева в марте 1905 года появляется записка Витте, подготовленная для него профессорами Духовной Академии, в которой очень четко развенчивается аргументация Победоносцева.
Между митрополитом Антонием и Победоносцевым возникает конфликт. Победоносцев считает, что митрополит Антоний интригует против него, и настаивает на том, чтобы обсуждение церковных проблем было перенесено в Синод, а Особое Совещание — упразднено. Он надеялся, что в Синоде все архиереи выступят вместе с ним против митрополита Антония.