Вопрос был перенесен в Синод, который, однако, не оправдал надежд Победоносцева. 22 марта 1905 года в Синоде была составлена записка к Государю. В записке Синод, ссылаясь на каноны (например, 4–е и 5–е постановления Никейского Собора, где говорится о созыве Поместных Соборов каждые полгода), обосновывал необходимость созыва Поместного Собора, на котором необходимо избрать Патриарха. Состав Синода должен быть изменен, избираться он должен на Соборе и действовать как орган при Патриархе, а не при Государе. Победоносцев был обескуражен тем, что Синод, столько лет бывший ему полностью послушным, выступил против него.
31 марта Николай II, познакомившись с запиской синодалов, наложил резолюцию о готовности созвать Собор в благоприятное для сего время. Я думаю, что тогда это не было отговоркой. Император действительно поддержал идею созыва Собора, но ситуация в стране была очень сложная.
Победоносцев, увидев, что Император готов пойти навстречу сторонникам Собора, решил опереться на епархиальных архиереев. Он считал, что решение Синода — результат давления на него митрополита Антония, и поэтому поставил на Синоде вопрос о том, чтобы все епархиальные архиереи до конца 1905 года представили свои мнения о целесообразности церковных преобразований. Соответствующий указ появился 27 июля 1905 года. Каждый архиерей мог высказать свою точку зрения не только на преобразования, но и вообще на положение дел в Церкви. Победоносцев не был против разового совещания, но о патриаршестве он и слышать не хотел, считая, что возглавление иерархии самодержавным Государем — самое благоприятное для Церкви в России.
В это время события в политической жизни продвигались вперед. Необходимость реформ все более осознавалась в высших кругах, результатом чего стал манифест Императора от 17 октября 1905 года о даровании широкого перечня свобод русскому обществу и о создании Государственной Думы с законодательными функциями. В апреле 1906 года, после внесения изменений в законы Российской империи и возникновения конституционной монархии, самодержавие перестало существовать в своем прежнем статусе — как неограниченная монархия.
Победоносцев был против всего этого. Он ждал результатов отзывов епархиальных архиереев. Но время не терпело. 17 апреля 1905 года правительство издало временное постановление о веротерпимости, которое даровало свободу всем конфессиям. Некоторые ограничения оставались для иудеев и для старообрядцев (позже и старообрядцы были полностью уравнены в правах), а в положении Православной Церкви ничего не менялось. Произошло именно то, чего боялся митрополит Антоний.