Проверочные испытания в Медико-хирургической академии проводились по пяти предметам: устные — математика, физика, немецкий язык и латынь и, кроме того, сочинение на заданную тему. Экзамены принимали главным образом выделенные для этого Конференцией профессоров преподаватели академии; только к участию в проведении экзамена по математике привлекались преподаватели петербургских военных гимназий. Экзаменаторы отнюдь не «зверствовали»: задаваемые ими вопросы, как правило, не выходили за рамки гимназических программ. Сочинение Володе пришлось писать на тему: «Волга и ее значение для Русского государства». При этом ему весьма пригодились и недавние впечатления от поездка по великой русской реке. Володя и его товарищи из Вятки испытания выдержали и приказом по академии были зачислены в «своекоштные» студенты первого курса медицинского отделения (в академии в ту пору, кроме медицинского, существовали еще отделения ветеринарное и фармацевтическое).
Медико-хирургическая академия была весьма своеобразным учебным заведением. Подчинялась она военному министерству и предназначалась «для образования врачей, ветеринаров и фармацевтов военного и морского ведомств». Но на самом деле служить после окончания академии в армии и флоте обязаны были лишь стипендиаты военного министерства. Однако оно выплачивало всего лишь двести стипендий, которых удостаивались студенты третьего и более старших курсов. Общее же число студентов академии доходило до полутора тысяч человек. Стипендии предлагались лишь наиболее успевающим студентам, однако любой из них мог и отказаться от стипендии с тем, чтобы не иметь обязательств перед военным ведомством. Таким образом, большинство выпускников академии в армии не служили и занимали врачебные должности в земствах, городских управах или же посвящали себя частной практике.
В начале 70-х годов возник вопрос о передаче академии в подчинение министерству народного просвещения. Дебатировался он не только в Конференции академии, но и в широкой прессе. Так, в 1873 году, когда студентом академии стал Бехтерев, газета «Гражданин» писала, что «многие из среды серьезных профессоров академии желают присоединить ее к университету ввиду интересов науки, ибо настоящее положение академии в научном отношении, говорят, просто невыносимо». В самом деле, Главное медицинское управление военного ведомства и особенно главный военно-медицинский инспектор, которому академия была непосредственно подчинена, нередко позволяли себе в то время грубо вмешиваться в ее деятельность. Это вело к тому, что, как писала та же газета, «всякий профессор Медико-хирургической академии не может не желать перехода ее в такое ведомство, где, как, например, в университете, никому не дано права приказывать профессорам или Конференции их».