Как проявление произвола большинством профессоров Медико-хирургической академии было воспринято, например, решение военного ведомства о назначении заведующим кафедрой физиологии, которую незадолго до того вынужден был оставить И. М. Сеченов, активного противника его учения о рефлекторной деятельности головного мозга, а также дарвиновского эволюционного учения, реакционера И. Ф. Циона.
Конференция академии после отставки Сеченова на должность заведующего кафедрой физиологии в 1872 году избрала профессора университета Шкляревского. Цион же при голосовании собрал мало голосов. Решение Конференции военное ведомство отвергло. Военно-медицинский инспектор начертал на нем следующую резолюцию: «Военный министр не признал возможным утвердить избранного большинством голосов Конференции доктора Шкляревского в должности профессора физиологии, а как выбор кандидата длится более года, кафедра физиологии без существенного вреда учащимся не может оставаться незамещенной; из сопоставления же разбиравшихся ученых работ, представленных кандидатами, очевидно, что работы доктора Циона несравненно выше, чем те, которые Конференция признала достаточными для получения кафедры физиологии. Потому Его Превосходительство в 14-й день июля изволил утвердить в должности профессора этой науки доктора медицины Циона».
1 февраля 1873 года Главный военно-медицинский инспектор Н. И. Козлов в письме начальнику Медико-хирургической академии сообщал: «Озабочиваясь устранением условий, вызывающих и поддерживающих невыгодные стороны внутренних порядков в академии, Военный министр остановился… на мысли освежить и пополнить личный состав Конференции назначением в члены ее нескольких лиц, по ученым и учебным заслугам имеющих на это право…» Через три дня после этого послания последовал «высочайший приказ», по которому в состав Конференции вводились назначенные экстраординарными профессорами академии Эйхвальд, Гепнер, Тарновский и Брандт. Такое распоряжение способствовало укреплению немецкой группировки в Конференции и усилению раздоров в ее среде.
Форму студенты Медико-хирургической академии могли носить начиная с третьего курса, но она не была обязательной, да к тому же приобретать ее надо было на собственные средства. В результате одевались студенты кто как мог. На младших курсах часто донашивали форму, которую носили в семинарии или гимназии, иные ходили в свободных блузах или же пестрых, часто красных, рубахах навыпуск и в высоких сапогах. Щеголи среди студентов были не в чести.
Большая часть студентов происходила из разночинцев, многие из них нуждались. Приходилось изыскивать средства для оплаты обучения. По «Положению», утвержденному в 1869 году, «своекоштные студенты и пользующиеся частными стипендиями, замещение коих не представлено академии, вносят 50 рублей в год за слушание лекций и пользование учебно-вспомогательными учреждениями при практических академических заданиях». Деньги вносились двумя частями: по 25 рублей в начале каждого полугодия. Если плата задерживалась более чем на два месяца, студента из академии отчисляли, при этом он мог быть принят вновь при условии погашения долга. Но в «Положении» был еще один пункт: «лица, заявившие соглашение» проработать после окончания академии два года в военном ведомстве, освобождались от платы за обучение в течение всего периода обучения. Этим правилом пользовались многие студенты из тех, кто победней. Воспользовался им и Володя Бехтерев.