Занятия в академии проводились с первого сентября по первое июня. Ежегодно сдавались курсовые экзамены. После второго курса экзамены были особенно серьезными, они назывались «полулекарскими»: после них студенты имели право работать фельдшерами. По окончании пятого курса давалось время на подготовку к лекарским экзаменам, которые обычно сдавались в декабре. Таким образом, курс обучения в академии продолжался фактически пять с половиной лет.
Кроме перерывов на летние и рождественские каникулы, каждый год занятия в академии прекращались в период ледостава и весеннего ледохода на Неве. Мосты через Неву (Литейный, Троицкий, Воскресенский) в эти дни разводились, так как передвижение льда угрожало их целостности. Многие преподаватели и некоторые студенты тогда не могли добраться до академии, в связи с чем возникали «узаконенные» перерывы в ее работе. В эти дни проживавшие на Выборгской стороне студенты больше времени проводили в клиниках, стремясь заменить отсутствующих сотрудников.
В Медико-хирургической академии существовал инспекторский надзор, который возлагался на инспектора и его курсовых помощников. Инспектором по «Положению» был офицер, назначенный военным министром. Его образовательный ценз в «Положении» оговорен не был. Помощниками же инспектора являлись врачи — выпускники академии. Инспектор и его помощники должны были не только следить за соблюдением студентами дисциплины, контролировать посещение ими лекций и практических занятий и пр., но и отвечать за их «благонадежность».
В 1869 году во время студенческих волнений, спровоцированных необоснованным исключением из академии двух студентов, инспекция, возглавляемая подполковником Смирновым, демонстрируя свое усердие, передала властям список студентов — «зачинщиков беспорядков». По распоряжению петербургского градоначальника Тренева они были арестованы ночью на квартирах и помещены в следственную тюрьму. Это привело к новой волне студенческих возмущений и произвело тяжелое впечатление на преподавателей. 15 марта в академии были прерваны занятия. 20 марта профессора И. М. Сеченов и С. П. Боткин выступили на заседании Конференции с заявлением, в котором осудили допущенные по отношению к студентам меры насилия и гневно заклеймили поведение инспектора академии, в значительной степени повинного в возникновении конфликта. Они отметили, что инспектор ведет себя неподобающим образом, в общении со студентами груб и «не стесняется тоном и выражениями». Хотя арестованные властями все-таки были наказаны (10 человек приговорены к тюремному заключению, 16 — исключены из академии), инспектору Смирнову пришлось уйти из академии; на смену ему был назначен гвардеец майор Песков.