Но, даже освободившись таким образом от платы за обучение, студент должен был оплачивать частную квартиру — обычно 4–6 рублей в месяц, — да к тому же заботиться о собственном пропитании. Питались многие скудно. Обычно пользовались дешевыми кухмистерскими. Особо же популярной была расположенная неподалеку от академии столовая, находившаяся под покровительством великой княгини Елены Павловны. Обед в этой столовой стоил 19 копеек, при этом хлеб и квас отпускались в неограниченном количестве. Однако завтраком и ужином столовая не обеспечивала. Нуждающиеся студенты утром и вечером ели главным образом черный хлеб с тресковым жиром и солью (жир они получали бесплатно через академическую аптеку).
Студентам, которым семьи не могли помочь, приходилось искать какой-либо заработок. Обычно они работали в качестве переводчиков, репетиторов, а иногда и переписчиков, а после окончания второго курса стремились к занятию фельдшерских должностей. Руководство академии старалось по возможности помогать бедствующим студентам. По инициативе профессора А. Я. Чистовича в 1869 году было образовано «Общество для вспомоществования нуждающимся студентам Медико-хирургической академии». В соответствии с третьим параграфом устава этого общества студентам выдавалось «вспомоществование единовременное или постоянное не иначе как в виде ссуд, которые должны быть возвращены». Иными словами, «Общество» выполняло функции кассы взаимопомощи, обеспечивая выдачу ссуд без процентов. Но и это было весьма существенно, так как оберегало студентов от необходимости связываться с ростовщиками и давало им возможность хоть как-то выходить из трудного положения.
Вместе с тем студенческая общественность имела и некоторые фонды для оказания особо нуждающимся безвозмездной помощи. Фонды эти складывались из разовых пожертвований и средств, которые удалось выручить, проводя концерты, довольно регулярно устраиваемые в академии для широкой публики. В благотворительных концертах участвовали студенты (пели, музицировали, читали стихи), а также актеры императорских и частных театров Петербурга. Иногда выступали и некоторые из преподавателей и профессоров академии. Безвозмездные пособия распределялись инспекцией на основании предложений избираемых студентами курсовых старост. В некоторые годы общая сумма безвозмездных пособий доходила до 10 тысяч рублей в год.
Были в Медико-хирургической академии и несколько частных стипендий и премий, которые выплачивались по указанию жертвователя или же по решению администрации академии за счет процентов с суммы, находящейся на постоянном хранении в банке. Одна из таких премий — премия Пальцева — была присуждена Конференцией Бехтереву при окончании им полного курса академии. К занятиям большинство студентов относились добросовестно. Особое усердие, разумеется, проявляли нуждающиеся студенты. Лекции читались по расписанию шесть дней в неделю и заканчивались к трем часам дня. В послеобеденное время студенты работали в анатомическом театре, созданном в 50-х годах по инициативе профессора академии великого хирурга И. И. Пирогова, занимались в академических лабораториях, курировали больных в клиниках, слушали факультативные лекции профессоров и приват-доцентов.