Губительное лжеучение, быстро распространяясь, в то же время долго оставалось сокрытым от духовных и мирских властей: ведь тайный характер исповедания, ложные клятвы, запирательство, лицемерие были принципиальными методами еретиков.
Божиим Промыслом еретическое нечестие обнаружилось лишь тогда, когда на святительской кафедре Великого Новгорода, ставшего колыбелью ереси, Господь воздвиг великого поборника Православия — преосвященного Геннадия (поставлен во архиепископы Великого Новгорода 12 декабря 1484 г.).
В 1487 г., 17 лет спустя от начала ереси, в Новгороде пьяные еретики, надругавшись над святыми иконами, обнаружили этим перед православными свое нечестие. Архиепископ Геннадий учинил розыск и, уличив нескольких еретиков, донес о них и о новой ереси великому князю; вскоре еретики бежали в Москву, где у них имелись могущественные покровители. Благодаря стараниям святителя Геннадия беглецы все же были найдены и подвергнуты наказанию — биты кнутом. Святитель Геннадий ревностно занялся розысками еретиков и искоренением ереси. Новонайденных жидовствующих, если они приносили покаяние, он подвергал епитимьи, упорствующих же отсылал для наказания к гражданским властям. В борьбе с ересью святитель Геннадий искал совета ученых старцев — преподобного Нила Сорского († 1508, память 7 апреля) и Паисия Ярославова (позже, в 1490 г., они участвовали в Соборе на еретиков), разыскивал по монастырям книги, нужные для борьбы с жидовством, распространял в обществе сочинения, защищающие Православную веру и Церковь от нападений еретиков (Многие документы, относящиеся к ереси жидовствующих, в том числе послания святителя Геннадия, опубликованы в книге: Н. А. Казакова, Я. С. Лурье. Антифеодальные еретические движения на Руси XIV — начала XVI века. М.-Л., 1955.).
В Новгороде еретики присмирели; однако просьбы об окончательном осуждении жидовствующих, посылаемые святителем в Москву, не находили отклика: еретики по-прежнему находили там покровительство. В 1490 г., после смерти митрополита Геронтия († 1489 г.), на первосвятительскую кафедру был поставлен симоновский архимандрит Зосима, тайный последователь жидовствующих. Теперь во главе Русской Церкви стоял еретик. Опасность для Руси была смертельной.
В октябре 1490 года святитель Геннадий направил антиеретическое послание к митрополиту, а затем — послание к Ростовскому, Суздальскому, Тверскому и Пермскому архиереям, убеждая их требовать безотлагательного созыва Собора и самого строгого суда над еретиками: “Наказание им не должно быть равным с явными еретиками: явного еретика люди опасаются, а от этих как убережешься? Ведь они называют себя христианами и не обличат себя пред разумным, а вот глупого — съедят. За это им подобает двойная казнь и проклятье. О вере же нам заповедано ни прибавлять, ни убавлять, по апостолу: “Но если бы даже мы или Ангел с неба стал благовествовать вам не то, что мы благовествовали вам, да будет анафема” (Гал. 1, 8). Да и люди у нас простые, не умеют и об обычных книгах рассуждать — так что лучше не плодить с ними никаких прений о вере. Собор же надо учинить лишь для того, чтобы казнить еретиков — жечь и вешать! Ведь еретики мне приносили полное покаяние, брали епитимью — и, оставя все то, сбежали. И надо у них основательно дознаться, кого они прельстили, — а иначе, хотя их и искоренят, отрасли останутся. Да не плошайте, станьте крепко, чтоб не обратился на нас Божий гнев как на человекоугодников, предающих Христа вместе с Иудой! Ведь они иконы колют, режут, ругаются над Христом — а мы им угождаем да действуем по их воле. Однозначно требуется их наказать и проклясть”.