Вскоре, в том же месяце, по общему требованию духовенства Собор открылся. Еретики были осуждены и прокляты, некоторых сослали в заточение, а других для наказания отправили в Новгород к архиепископу Геннадию (наказание, которому те были подвергнуты, описано в “Просветителе”). Однако этим ересь не была сломлена и продолжала распространяться: ведь на русском первосвятительском престоле находился еретик, а при великокняжеском дворе жидовствующие сохраняли прежние позиции.
Дерзость еретиков особенно усилилась в конце седьмого тысячелетия от сотворения мира (1492 г.), когда многие по суеверию ожидали конца времен. Жидовствующие стали глумиться над православными: “Семь тысяч лет прошло и ваша пасхалия закончилась, отчего же Христос не явился во славе, по вашим ожиданиям?” Чтобы внести успокоение в умы, Собор 1492 г. постановил написать пасхалию на восьмую тысячу лет, что и было сделано святителем Геннадием.
В это время (около 1493 г.) по призыву Новгородского святителя на борьбу с жидовством со всей силой пламенной веры и ревности о Господе встал преподобный Иосиф Волоцкий. Он видел, что призывы святителя Геннадия к верховной власти об искоренении ереси не достигают результатов, и пошел по иному пути: обращался к епископам, монахам, благочестивым мирянам с воззванием противостать злоумышленникам, “за Христа пострадать и за Пречистую Богородицу”. К Суздальскому епископу Нифонту, именуя его “главой всем”, так как еретика Зосиму он не мог считать главой Русской Церкви, преподобный Иосиф пишет: “…На престоле чудотворцев Петра и Алексия и иных великих православных святителей ныне сидит скверный злобесный волк, облекшийся в пастырскую одежду, чином святитель, а делами Иуда предатель, бесам причастник… какого и среди древних еретиков и отступников не бывало… Если не искоренится этот второй Иуда — мало-помалу отступничество овладеет и всеми людьми…”
Голос преподобного Иосифа не остался одиноким, епископ Нифонт и другие архипастыри поддержали его, и 17 мая 1494 г. Зосима вынужден был оставить первосвятительский престол. Но, несмотря на это, влияние жидовствующих по-прежнему пронизывало все слои придворной знати.
Между тем святитель Геннадий много сил отдавал заботам о просвещении паствы; задача эта приобретала особую важность в связи с растлевающим воздействием жидовствующих на умы. Для борьбы с ересями и для утверждения Православия нужны были просвещенные пастыри, и Новгородский святитель первым начал говорить о необходимости устроения училищ для духовенства. Но главным просветительским подвигом святителя Геннадия, безусловно, явилось вдохновленное им создание первого полного русского перевода библейских книг, оставшегося в истории русской культуры под именем “Геннадиевской Библии”(Публикация Геннадиевской Библии 1499 г. начата Издательским Отделом Московского Патриархата.). До этого на Руси не существовало полного свода книг Священного Писания, между тем, как отмечает святитель Геннадий в послании к Иоасафу Ростовскому, жидовствующие использовали искаженные списки. Несомненно, что в совершении грандиозного труда — сведении воедино исправных списков Священного Писания и переводе недостающих книг Библии на церковнославянский язык с древних неповрежденных текстов — промыслительную роль сыграла именно борьба с ересью жидовствующих.