Первые несколько месяцев прошли спокойно. Судоходство в Средиземном море почти приостановилось, так как итальянские войска в Триполитании и Ливии не выказывали ни малейшего желания двигаться. Итальянский флот тоже пока предпочитал отсиживаться в портах. Подводные лодки добились кое-каких успехов, но часто цели были настолько незначительными, что не оправдывали израсходованных торпед.
Но, хотя цели встречались крайне редко, передышка пошла на пользу англичанам, так как присланные подкрепления позволили повысить боеспособность флотилии. Прибыла группа малых лодок типа U. Они были небольшими, но маневренными и прекрасно подходили для действий на коротких средиземноморских коммуникациях. Большим океанским лодкам сильно мешала высокая прозрачность воды, которая позволяла вражеским самолетам без труда заметить лодку в подводном положении. Серьезным препятствием были малые глубины возле африканского побережья и гладкая зеркальная поверхность моря. Из 4 лодок, вышедших с Мальты в первый боевой поход, вернулась только одна, что стало серьезным ударом.
К концу года на берегах Средиземного моря разгорелись серьезные бои. Британская Армия Нила начала наступление на Бенгази, и африканский театр военных действий ожил. Конвои со снабжением для итальянской армии начали прибывать в порты Триполитании и Ливии. Италия вторглась в Грецию, а позднее Германия пришла на помощь своему союзнику, по пути захватив Балканы. Большая часть сил Армии Нила была отправлена в Грецию, зато в Африку на помощь итальянцам прибыл Африканский Корпус Эрвина Роммеля. В результате англичане откатились обратно к египетской границе. Наконец германские парашютисты захватили Крит, и вот в такой обстановке началась борьба на морских коммуникациях.
Хотя первые столкновения закончились в пользу противника, они все-таки помогли англичанам в том плане, что итальянский флот был вынужден выйти в море. Северная Африка превратилась в главный театр военных действий, немецким и итальянским войскам постоянно требовались свежие подкрепления и масса снабжения. Конвои выходили в море один за другим, и у подводных лодок появилось множество целей.
Однако задачи, стоящие перед мальтийскими лодками, оставались более чем сложными, несмотря на избыток целей. Противник наступал вдоль побережья Северной Африки, захватывая все новые порты. В результате вражеское судоходство было рассредоточено. Командир 1-й флотилии подводных лодок писал: «Немецкое наступление в Ливии увеличило количество портов разгрузки для перевозок в Ливию. Судоходство оказалось рассредоточенным, и нам стало сложнее перекрывать возможные маршруты. Маленькие каботажные суда начали интенсивные перевозки в заливе Сирт, и наши подводные лодки начали патрулирование, чтобы помешать им, насколько это было возможным. Большая часть этих суденышек была настолько мала, что не заслуживала торпеды, и они двигались на глубинах менее 10 фатомов. Чтобы топить их с помощью артиллерии, лодки должны были заходить на мелководье, где нельзя было погрузиться в случае воздушной атаки. Однако, кроме подводных лодок, никакие корабли не могли помешать итальянским перевозкам. Поэтому нам приходилось идти на неизбежный риск».