Этой ночью Е-14 пошла в условленное место посреди Мраморного моря, чтобы встретиться с АЕ-2. После выхода из пролива Стокеру сильно не везло. Он расстрелял все торпеды по самым заманчивым целям, но не добился ни одного попадания. АЕ-2 не имела орудия и потому уже ничего не могла сделать, хотя одно ее присутствие в этом районе имело очень большой эффект. Бойл не имел лишних торпед, но после совещания капитаны решили, что АЕ-2 должна оставаться в Мраморном море. Перед расставанием Бойл и Стокер договорились о встрече на следующую ночь.
Однако АЕ-2 на рандеву не прибыла. Ее невезение продолжилось. Утром 30 апреля турки атаковали и потопили лодку. Она погрузилась в районе бухты Атарки, но попала в область более плотной воды и не сумела удержать глубину. Лодка выскочила на поверхность буквально в миле от турецкого миноносца. Стокер немедленно заполнил вспомогательную носовую цистерну, однако АЕ-2 отказалась погружаться. Миноносец протаранил ее, нос лодки пошел вниз, и она погрузилась с большим дифферентом. Когда глубина достигла 100 футов, Стокер дал задний ход и продул носовую балластную цистерну. АЕ-2 прекратила погружаться, выпрямилась и начала медленно подниматься. Она всплыла буквально под бортом у того же миноносца. Он открыл огонь, и 3 снаряда пробили прочный корпус лодки. Ей ничего не оставалось, кроме сдачи в плен. Стокер и его старший помощник приказали экипажу выходить на палубу, а сами открыли все кингстоны, чтобы лодка затонула. После этого они поднялись в рубку и сдались вместе с экипажем. АЕ-2 затонула на глубине 150 футов. Она стала жертвой миноносца «Султан Хиссар».
Потопление АЕ-2 воодушевило турок, и они удвоили свои усилия, надеясь перехватить и потопить Е-14. Однако Бойл не согласился с отведенной ему ролью дичи. Хотя ему хотелось сохранить торпеды для более ценной добычи, он решил сам атаковать охотников. Его первая торпеда попала в канонерку «Пейк-и-Шевкет» и вывела ее из строя. Хотя канонерка уцелела, это заставило турецкие патрули быть более осмотрительными. Это дало Бойлу ту свободу, которая ему требовалась.
Теперь Е-14 могла спокойно бороздить воды Мраморного моря, но целей для нее там не осталось. Противник не желал рисковать своими кораблями и перешел к переброске подкреплений в Галлиполи по железной дороге протяженностью 160 миль. После этого войскам предстоял марш длиной 100 миль по скверным дорогам, хотя вместо всего этого можно было пройти только 130 миль по морю. Е-14 не выпустила ни одной торпеды и не нашла ни одной цели, однако она добилась поставленной перед ней цели. Лодка полностью парализовала турецкое судоходство и оказала неоценимую помощь армиям союзников на полуострове Галлиполи, так как лишила противника подкреплений.