Е-12 также провела первые эксперименты по подводной сигнализации. Было известно, что звук под водой распространяется на большое расстояние, поэтому Брюс решил опробовать систему звукоподводной связи, стуча молотком по прочному корпусу. Когда подошла новая лодка — это была Н-1 лейтенанта Г. Пири, — они провели несколько сеансов связи в подводном положении на довольно значительном расстоянии. Эти первые эксперименты позднее привели к созданию прибора Фессендена, электрического устройства, которое посылало в воду звуковой луч. Прибор позволял двум лодкам переговариваться в подводном положении на расстоянии до 3 миль.
Главные приключения Е-12 начались на обратном пути. Лодка достаточно легко прошла сквозь сетевое заграждение. Но при этом она оторвала большой кусок этой самой сети, который обмотался вокруг ее носовой части и спутал носовые рули глубины. Они перестали двигаться, а дополнительный вес в носовой части заставил лодку постепенно идти в глубину. Когда Е-12 прошла 100 футов, Брюс продул носовую балластную цистерну, но не смог остановить погружение. Рули были переключены на ручное управление, и 3 человека повисли на рычагах, чтобы заставить их двигаться. Лодка прошла 150 футов и продолжала погружаться. Она уже погрузилась глубже, чем любая из подводных лодок. Но в конце концов рули поддались усилиям трех матросов и начали медленно поворачиваться. Однако погружение продолжалось. Лодка прошла 200 футов, и начало сказываться давление воды. Стеклянные иллюминаторы в рубке треснули, и рубка была затоплена. Е-12 еще больше потяжелела. Но теперь носовые рули начали действовать, и Е-12 выровнялась на глубине 245 футов. Корпус начал течь, и казалось, что лодка гибнет.
В течение 10 минут она оставалась на такой глубине, где давление воды могло раздавить ее, как яичную скорлупу. Потом она начала подниматься с угрожающей скоростью. Три матроса попытались перевести носовые рули на погружение, но не успели. Е-12 поднялась на глубину 12 футов, и ее рубка высунулась из воды, прежде чем удалось восстановить управление. Турки немедленно обстреляли лодку, но попаданий не добились.
Лодка снова погрузилась, и опять вес обрывков сети заставил ее полого идти вниз. Теперь она ушла на глубину 120 футов, но как только рули были поставлены на подъем, начался неуправляемый подъем. Именно так, то поднимаясь к самой поверхности, то уходя в глубину, Е-12 форсировала минное заграждение возле Килид-Бахра. Вдобавок она еще запуталась в минрепах. Однако именно они помогли лодке спастись. Резко повернув руль, Брюс приказал дать полный ход. В результате минрепы сорвали большую часть опутавшей лодку сети.