В докладной записке НКВД УССР в Военный совет Юго-Западного направления о работе НКВД СССР по организации и руководству оперативной деятельностью партизанских формирований в тылу противника от 6 марта 1942 г., например, отмечалось, что «партизанскими формированиями занимаются НКВД УССР, политотделы, разведотделы и особые отделы армий, оперативные группы ЦК КП(б)У. На линии фронта имеется большое скопление различных представителей от всех указанных организаций, которые работают вразнобой и мешают друг другу».
Не касаясь пока качественной стороны дела, некомпетентности руководителей при организации и заброске в тыл врага партизанских отрядов и групп, издержек из-за отсутствия централизованного руководства партизанскими силами, обратимся к той роли, которую играл в развертывании партизанского движения Народный комиссариат внутренних дел. А эту роль поистине сразу же следует определить как ключевую. К сожалению, ранее так, напрямую, говорить было не принято. Во-первых, именно это утверждала немецкая пропаганда. Согласиться с противником было просто невозможно. И вообще дико звучит, ведь идет война народная! Признавать ведущую роль НКВД в партизанском движении никто не соглашался ни во время войны, ни тем более после, ни сейчас. Все лавры было принято отдавать партии. А крупных ошибок она на себя никогда не брала.
Напомним, что после начала Великой Отечественной войны Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 г. НКВД и НКГБ были объединены в единый Народный комиссариат внутренних дел под руководством Л.П.Берии. Позднее, 14 апреля 1943 г., по решению Президиума Верховного Совета СССР был вновь образован НКГБ во главе с В.Н.Меркуловым.
Представляет интерес организационная структура войск НКВД. В начале войны существовали самостоятельные войсковые управления НКВД: Главное управление пограничных войск, Управление оперативных войск, Управление конвойных войск и объединенное Главное управление войск НКВД по охране железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности. Составной частью войск НКВД были пограничные и внутренние войска. Последние включали в себя части оперативного назначения, конвойные части, части по охране железных дорог, зенитно-артиллерийские и зенитно-пулеметные подразделения и части ПВО. Единого центрального органа управления войсками не было. Руководящие указания все войсковые управления получали от заместителя наркома внутренних дел СССР по войскам. Через него шли все доклады, донесения, исходящие от управлений войскам. В годы войны на этой должности находились генерал армии И.И.Масленников и генерал-полковник А.Н.Аполлонов.