Главным видом деятельности войск НКВД по-прежнему являлось выполнение специальных задач. Вместе с тем они принимали участие в боевых действиях на фронте, вместе с пограничными войсками выполняли задачу охраны тыла действующей армии. Важным видом деятельности войск в этот период стала борьба с бандитизмом, формирование соединений и объединений для фронта. Органы и войска НКВД и сыграли ведущую роль в развертывании партизанского движения, создании отрядов и диверсионных групп, особенно до мая 1942 г., когда при Ставке был создан Центральный штаб партизанского движения.
Одним из источников формирования партизанских сил явились истребительные батальоны. Однако обо всем по порядку.
Следует отметить, что секретариат заместителя наркома по войскам представлял собой небольшой аппарат работников, предназначенный лишь для сбора и обработки поступающей из войск информации, которая потом направлялась в высшие инстанции. Рассмотрение общих для всех войск задач (от призыва до вопросов финансирования) поручалось Главному управлению пограничных войск (ГУПВ), как сложившемуся, опытному аппарату. Сведения обо всех частях, численности и прочем сосредоточивались в финансовом отделе ГУПВ.
28 апреля 1942 г. было создано самостоятельное Главное управление внутренних войск НКВД СССР, но до формирования в мае 1943 г. Главного управления по охране тыла фронтов действующей Красной Армии управление войсками по охране тыла также осуществлялось через ГУПВ.
Такая подчиненность предопределяла и свободную ротацию руководящих офицерских кадров, младшего начальствующего и рядового состава в войсках НКВД, совместное выполнение задач по охране тыла действующей армии пограничными полками и частями внутренних войск, направление офицеров войск в штабы партизанского движения, в школы по подготовке партизанских кадров, в оперативные и организаторские группы, создаваемые органами госбезопасности, и др. В связи с этим практически невозможно провести грань между пограничными и внутренними войсками при определении степени их участия в развертывании партизанского движения, по крайней мере до апреля 1942 г.
Как положительный фактор следует рассматривать сложившееся в указанный период тесное взаимодействие органов государственной безопасности, пограничных и внутренних войск при решении задач развертывания партизанского движения на территории, оккупированной врагом.
Забегая вперед, отметим, что с созданием в мае 1942 г. Центрального штаба партизанского движения (ЦШПД) и передачей ему от НКВД и разведорганов руководства партизанскими формированиями получает дальнейшее развитие самостоятельная линия в деятельности органов госбезопасности – зафронтовая разведывательно-диверсионная и контрразведывательная работа, по-прежнему протекающая в тесной связи с партизанским движением и деятельностью патриотического подполья на оккупированной территории.