Начальник 4-го отдела подчинялся непосредственно наркому союзной республики или начальнику УНКВД и перед ним отчитывался. Он имел право от имени НКВД-УНКВД отдавать распоряжения подчиненным штабам и опергруппам в районах и областях, которые имели непосредственное отношение к деятельности партизанских формирований. Он же нес полную ответственность за подготовительную и боевую деятельность партизанских формирований, координировал свои действия по организации партизанских отрядов, истребительных батальонов и диверсионных групп с особыми отделами НКВД, войсковым командованием и советско-партийными организациями по вопросам формирования новых партизанских отрядов, подбора кадров, определения района действий, переброски отрядов за линию фронта, дальнейшей связи с отрядами, материально-технического снабжения.
Для более тесного контакта в работе 4-го отдела УНКВД и войскового командования предписывалось иметь своих представителей при штабах войсковых соединений (армии, фронта), расположенных на территории области.
18 января 1942 г. на базе 2-го отдела НКВД создается 4-е управление, которому подчиняются одноименные отделы на местах. Его основной задачей являлось проведение специальной работы в тылу противника. Четвертые отделы, а позднее Четвертое управление НКВД-НКГБ занимались формированием и заброской в тыл противника оперативных и диверсионных групп. На эти группы, помимо разведывательной и диверсионной работы, возлагались и такие задачи, как организация партизанских отрядов, установление связи с существующими в немецком тылу партизанскими отрядами и руководство ими.
Выполняя указания СНК СССР и ЦК ВКП(б) о развертывании партизанского движения и создании подпольных организаций, в районах Ленинградской области в тылу врага непосредственное участие в этой работе принимали местные органы НКВД. В конце июня и в июле 1941 г. было сформировано и отправлено на оккупированную территорию 6 партизанских полков, 30 отрядов и групп общей численностью 4800 человек. Только из Ленинградского пограничного округа в их состав добровольно вступило около 1000 пограничников.
К организации подпольных ячеек, подбору их руководителей, выработке практических рекомендаций по их деятельности в условиях подполья областным комитетом ВКП(б) был привлечен начальник разведывательного отдела УНКВД по Ленинградской области, который был введен в тройку по руководству партизанским движением и нелегальной работой на территории, занятой противником (создана решением бюро Ленинградского обкома партии). В состав тройки входили: секретарь обкома ВКП(б) – член военного совета, заведующий военным отделом обкома ВКП(б) и начальник разведотдела УНКВД по Ленинградской области.