С первых дней войны органы госбезопасности включились в работу по созданию партизанских формирований. В директиве от 1 июля были конкретизированы задачи органов госбезопасности в условиях военного времени. Перед работниками НКГБ, переводимыми на нелегальное положение, в качестве основной ставилась задача организации совместно с НКВД партизанских отрядов, боевых групп для активной борьбы с врагом на занятой им территории СССР. Была создана Особая группа для осуществления разведывательно-диверсионной работы, в том числе в ближайшем прифронтовом вражеском тылу. В октябре 1941 г. вместо нее был создан самостоятельный 2-й отдел НКВД СССР.
Вот что писал по этому поводу в своей книге «Разведка и Кремль» руководитель Особой группы П.А.Судоплатов:
«В первый же день войны мне было поручено возглавить всю разведывательно-диверсионную работу в тылу германской армии по линии советских органов госбезопасности. Для этого в НКВД было сформировано специальное подразделение – Особая группа при наркоме внутренних дел. Приказом по наркомату мое назначение начальником группы было оформлено 5 июля 1941 г. Моими заместителями были Эйтингон, Мельников, Какучая. Начальниками ведущих направлений по борьбе с немецкими вооруженными силами, вторгшимися в Прибалтику, Белоруссию и на Украину, стали Серебрянский, Маклярский, Дроздов, Гудимович, Орлов, Киселев, Масся, Лебедев, Тимашков, Мордвинов. Начальники всех служб и подразделений НКВД приказом по наркомату были обязаны оказывать Особой группе содействие людьми, техникой, вооружением для развертывания разведывательно-диверсионной работы в ближних и дальних тылах немецких войск.
Главными задачами Особой группы были: ведение разведопераций против Германии и ее сателлитов, организация партизанской войны, создание агентурной сети на территориях, находившихся под немецкой оккупацией, руководство специальными радиоиграми с немецкой разведкой с целью дезинформации противника».
Затяжной характер войны и оккупация немецко-фашистскими захватчиками значительной территории европейской части СССР потребовали от советских органов госбезопасности осуществления в более широких масштабах разведывательных и контрразведывательных мероприятий и развертывания диверсионной работы за линией фронта.
В августе 1941 г. существовавшие на основании приказа НКВД СССР от 25 июля 1941 г. оперативные группы НКВД-УНКВД республик, краев и областей по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника в прифронтовой полосе были реорганизованы в 4-е отделы НКВД-УНКВД. На них возлагались следующие задачи: организация и руководство боевой деятельностью истребительных батальонов, партизанских отрядов и диверсионных групп; организация живой и технической связи с истребительными батальонами, перешедшими на положение партизанских отрядов, а также с партизанскими отрядами и диверсионными группами, находящимися в тылу противника; организация агентурной и войсковой разведки районов вероятных действий партизанских отрядов и диверсионных групп, разведка тыла противника и мест переправ партизанских отрядов; обеспечение партизанских формирований оружием, боеприпасами, техникой, продовольствием и одеждой.