К 26 июня было организовано 14 партизанских отрядов общей численностью 1162 человека, среди них – 539 оперативных и руководящих работников НКГБ, 623 работника НКВД. Личный состав этих отрядов был вооружен пистолетами ТТ, винтовками, гранатами. В каждом было по 2-3 пулемета. К каждому отряду, сформированному НКВД-НКГБ, по решению ЦК КП(б) Белоруссии прикреплялся ответственный партийный работник.
Одновременно с организацией партизанских отрядов из числа руководящего оперативного состава НКГБ и партийных работников сформировали 10 групп по 8-9 человек каждая. Они были посланы в районы Полесской, Витебской, Минской и Гомельской областей для организации широкой работы по сколачиванию партизанских отрядов, возглавить которые предписывалось руководящим оперативным и партийным работникам. Учитывалось, что в годы Гражданской войны в этих районах было широко развернуто партизанское движение.
При занятии советской территории противником на базе организаторских групп возникали партизанские отряды, имеющие малый запас автономности. Существенным недостатком при этом являлось отсутствие у них радиосвязи с наркоматом.
По данным на первую половину сентября, на территории Белорусской ССР, кроме ранее указанных 14 партизанских отрядов, было дополнительно организовано еще 18. Основной упор они делали на уничтожение живой силы и техники врага. На их счету в первых боях были уничтоженные немецкие танки и бронемашины, захваченные автомобили и мотоциклы, разгромленные немецкие посты и колонны. Отдельные отряды действовали в контакте с частями Красной Армии. По данным их разведки артиллерийским огнем уничтожались командные пункты противника. Потом, правда, активность партизанских отрядов снизилась.
В докладной записке НКВД БССР в НКВД СССР о результатах разведывательно-диверсионной деятельности в тылу противника отмечалось, что при организации партизанских отрядов допущены ошибки. Отдельные отряды формировались полностью из состава сотрудников НКВД и милиции. Имея задачу оставаться на территории, оккупированной противником, они не обеспечивались одеждой, достаточным вооружением. Не было создано продовольственной базы, не установлена связь с партийными организациями и советским активом, оставшимся для подпольной работы, в силу чего отряды не могли развернуть партизанское движение, имея запас автономности всего 2-3 недели.
При дальнейшей организации партизанских отрядов из местного партийного и советского актива в Полесской, Пинской, Гомельской и Витебской областях обкомами КП(б) Белоруссии их руководящее ядро по-прежнему составляли оперативные сотрудники райотделов НКВД или оперативные работники.