Одновременно НКВД БССР проводил широкую разведывательную и диверсионно-террористическую работу через свои резидентуры. Для организации подрывной деятельности на территории Белоруссии, занятой противником, кроме 73 диверсионных резидентур Наркомат внутренних дел БССР создал специальную школу по подготовке диверсионных кадров.
12 августа 1941 г. под Гомелем была создана школа, первый набор которой состоял из 131 работника милиции, неоперативного состава органов НКВД. Школа начала свои занятия 17 августа в местечке Репки Черниговской области и закончила 24 августа 1941 г. Впоследствии в школу вновь направили 244 человека – бойцов и младших командиров сформированного в июле – августе оперативного полка НКВД. В связи с изменением обстановки на фронте существовавшие с июля 1941 г. четыре разведпункта НКВД БССР, дислоцированные ранее в неоккупированных районах БССР, стали действовать при штабах армий Брянского фронта. Это диктовалось необходимостью максимально приблизить разведывательную работу к нуждам фронта, целесообразностью контакта разведорганов НКВД с разведотделами армий, а также в связи с оторванностью разведорганов наркомата от разведорганов РККА из-за постоянно меняющейся фронтовой обстановки.
В дальнейшем НКВД БССР в качестве основной задачи разведывательной работы в тылу противника определил установление связи и осуществление руководства действующими на территории Белоруссии партизанскими отрядами, диверсионными группами и диверсионно-разведывательными резидентурами, а также восстановление связи с бывшей внутренней агентурой, оставшейся на оккупированной территории.
В целом же в 1941 г. органы госбезопасности забросили в тыл противника свыше 1 тысячи оперативных групп общей численностью около 25 тысяч человек. Выполняя поставленные задачи, группы устанавливали связь с партизанскими отрядами, направляли и активизировали их деятельность. По сути, органы госбезопасности, прилагая усилия для активизации партизанского движения, взяли в этот период на себя командную роль над всеми партизанскими формированиями, с которыми удавалось установить связь. В январе – феврале 1942 г. для поддержания связи с действующими в тылу врага партизанскими отрядами и группами, подбора и подготовки новых кадров для активизации операций на коммуникациях противника были созданы центральная и областные оперативные группы НКВД.
С февраля 1942 по июнь 1943 г. в оккупированные районы Белоруссии было направлено 48 разведывательно-диверсионных групп численностью 771 человек. Кроме того, при помощи подпольных обкомов и райкомов партии создано 11 диверсионных групп. Спецгруппы формировались из разведчиков и подрывников, имевших опыт боевой деятельности и прошедших спецподготовку в школах органов госбезопасности. Возглавляли группы опытные оперативные работники.