Основной задачей диверсионных групп и партизанских отрядов, направляемых в тыл противника, считалось уничтожение аэродромов и материальной части самолетов, танков, баз горючего, продовольственных складов и боеприпасов, поджог помещений, где базируются части противника, взрыв (поджог) железнодорожных и шоссейных мостов, порча железнодорожных магистралей и организация крушений поездов, терроризирование местных фашистских властей (комендантов, старост, полицаев и т.д.).
Свою работу они должны были строить в полном контакте с представителем оперативной группы при Военном совете Юго-Западного фронта, начальником 4-го отдела, политуправления армии и начальником особого отдела.
Характерно, что уполномоченный вел учет дислокации партизанских отрядов, диверсионных групп по материалам 4-го отдела, политуправления армии и представителя опергруппы с установлением численного состава партизанских отрядов, диверсионных групп и их боевой деятельности в секторе действия армии. Первоначальную дислокацию партизанских отрядов и последующие изменения, а также данные об их боевой деятельности уполномоченный докладывал в 4-й отдел НКВД.
Аналогичным образом строили свою работу 4-е отделы УНКВД Московской, Калининской, Тульской и других областей во временно оккупированных противником районах. Так, например, в совместной записке Тульского обкома ВКП(б) и УНКВД по Тульской области в ГКО и НКВД СССР о развертывании партизанской борьбы в тылу противника (к середине января 1942 г. советские войска совместно с партизанами очистили Тульскую область от оккупантов) отмечалось, что ими за период военных действий сформировано и переброшено в тыл врага 329 партизанских групп общей численностью 2150 человек.
В конце 1941 и начале 1942 г. продолжалось создание и заброска партизанских формирований в ближайший тыл противника. 6 декабря 1941 г. вышло указание НКВД СССР «Об организации деятельности в тылу противника партизанских отрядов, истребительных и диверсионных групп». Это, по сути, была первая с начала войны инструкция об организации партизанской борьбы во вражеском тылу. В последующем эта инструкция конкретизировалась в каждом регионе в соответствии с местными особенностями.
Основой для партизанских отрядов по-прежнему являлись бойцы истребительных батальонов, агентура, а также оперативные работники НКВД и милиции, изъявившие готовность действовать в тылу противника. Подбор личного состава проводился НКВД и секретарями райкомов. Партизанские отряды, как правило, формировались из 25-30 человек и имели войсковую организацию. Руководство отряда составляли начальник отряда, военный комиссар и начальник штаба, которые персонально утверждались на бюро райкома или обкома. Численность истребительных групп доходила до 15 человек, диверсионных – 4-5 человек.