В июле 1942 г. все партизанские отряды, действовавшие на временно оккупированной территории Украины, были переданы Украинскому штабу партизанского движения. Но и в последующем на базе партизанских отрядов закреплялись специальные оперативные чекистские группы, имевшие радиосвязь с Центром, осуществлявшие контрразведывательную, разведывательную и диверсионную деятельность на наиболее важных в оперативном отношении направлениях.
В годы Великой Отечественной войны с собственных баз, «на базе», «под крышей», «под флагом» партизанских формирований в разное время вели работу 2222 оперативные чекистские группы. Из них 244 числились за 4-м управлением, а остальные – за 4-ми отделами территориальных органов. 20 опергрупп действовали по заданиям военной контрразведки. За всю войну от опергрупп поступило 4418 разведывательных сообщений, из которых 1358 передано в Разведуправление Генштаба Красной Армии, 619 – командующему авиацией дальнего действия и 420 – командующим фронтами.
С августа 1942 г. базы партизанских отрядов в ряде мест использовались особыми отделами НКВД для контрразведывательной работы в тылу противника. Оперативно-чекистские группы в партизанских отрядах действовали на правах особых отделов НКВД. Непосредственное руководство их деятельностью осуществлялось областными УНКВД и представителями ШПД при штабах фронтов. Они оказали значительную помощь партизанским отрядам по ограждению их от гитлеровской агентуры.
Вместе с тем нельзя не отметить, что опыт, накопленный органами НКВД, активно использовался и в дальнейшем. Так, совместными указаниями ЦШПД и НКВД СССР в августе 1942 г. на УНКВД и партийные органы была возложена работа по организации партизанских отрядов для действий в тылу противника в случае нападения Японии на СССР. Такие указания были направлены руководителям партийных органов и органов НКВД Бурят-Монгольской АССР, Читинской области и Хабаровского края, о чем речь шла выше.
В январе 1943 г. начальник Центрального штаба партизанского движения П.К.Пономаренко направил Верховному Главнокомандующему записку о необходимости подготовки в Хабаровском крае 200 партизанских отрядов общей численностью 8 тысяч человек для действий на территории Хабаровского края в случае возникновения войны на Дальнем Востоке. В завершение начатой ранее работы партизанские отряды укомплектовали личным составом из рабочих, служащих, колхозников, изъявивших желание действовать в тылу противника, а также зачислили в них 717 бывших красных партизан.
Командование отрядов было утверждено Хабаровским крайкомом ВКП(б). Партийно-комсомольский актив отрядов составлял 2309 человек.