Работа проводилась на основании инструкции «О формировании и боевом использовании партизанских отрядов Хабаровского края», разработанной для единого руководства на местах УНКВД Хабаровского края совместно с краевым комитетом ВКП(б). Начальники областных, городских, районных и транспортных органов НКВД в процессе работы обязаны были ежемесячно представлять сведения по партизанским отрядам в 4-й отдел УНКВД.
Командиров партизанских отрядов, их заместителей по политической части и разведке 4-й отдел Хабаровского УНКВД привлек на 20-дневные сборы в специально созданной школе. Были подобраны и подготовлены 102 материально-продовольственные базы. По данным бывшего Центрального партийного архива Института марксизма-ленинизма, ныне РЦХИДНИ, смета расходов на приобретение 100-дневного запаса продовольствия, обмундирования, взрывчатых веществ, медико-санитарного имущества, строительство таежных баз и подготовку кадров для формирования партизанских отрядов в Хабаровском крае (из расчета 200 отрядов с личным составом 8 тысяч человек, 1 тысяча лошадей) составила 32 893 851 руб. 47 коп.
Так что и после передачи партизанских отрядов, созданных по линии НКВД на театрах военных действий, республиканским штабам партизанского движения, в регионах, где только ожидались или прогнозировались подобные военные действия (а это уже 1943 г.), организация партизанской борьбы оставалась в ведении НКВД-НКГБ.
С передачей партизанских отрядов республиканским и областным ШПД в развитии партизанского движения начался новый этап. Работа по руководству и развитию партизанского движения была напрямую возложена на ЦК республик, областные партийные органы, их военно-оперативные органы – штабы партизанского движения. Так, ЦК КП(б) Украины была поставлена задача «возглавить партизанское движение на Украине и превратить его во всенародное движение против немецких оккупантов, выявлять новые партизанские отряды, устанавливать с ними связь. Вести среди населения политическую работу с одной целью – вовлечение преданного Советской власти населения в активную борьбу против немецких оккупантов. Вести работу по закладке во всех городах и сельских населенных пунктах скрытых вооруженных резервов партизанского движения. Активизировать деятельность подпольных организаций. Оказывать помощь комсомольским организациям партизанских отрядов по вовлечению в партизанские отряды проверенной, способной бороться с немецкими оккупантами молодежи и подростков.
Во всей работе ЦК предлагает руководствоваться приказом наркома обороны И.В.Сталина от 5 сентября 1942 г. «О задачах партизанского движения».