Отождествление Персеполя с духовным центром империи связано с религиозными верованиями ахеменидских правителей. Ученые используют всевозможные данные, подчас создавая теории, построенные на весьма шатких фактах. Единого мнения по этому вопросу нет.
В основу любого исследования древнеперсидской религии следует положить данные древнеперсидских надписей. Так, в надписи Ариарамны упоминается великий бог Ахура-мазда, а Аршам говорит об Ахурамазде как о «великом боге, величайшем из богов». Дарий использует те же выражения и добавляет. «Ахурамазда вместе с богами царского дома».
Ксеркс взывает к «Ахурамазде вместе с богами» и поклоняется «благочестиво Ахурамазде и Арте». Артаксеркс I и Дарий III обращаются к Ахурамазде, прося благословения, в то время как Артаксеркс II — к «Ахурамазде, Анахите и Митре», а Артаксеркс III — к «Ахурамазде и к богу Митре».
Анахита и Митра считались арийскими божествами, пользовавшимися большой популярностью и среди неарийцев. Культ этих богов намного пережил гибель империи Ахеменидов. Но этого, однако, не случилось в будущем с Ахурамаздой, которого Дарий в Бехистунской надписи называет «богом арийцев». Арта, которую всегда связывали с Ахурамаздой, была божеством правосудия.
Данные различных источников указывают на то, что первые представители Ахеменидов (например, Дарий) почитали огонь на алтарях, приносили в жертву животных, приготовляли и пили хаому (опьяняющий напиток), они верили в постоянный дуализм мира и в этом конфликте твердо стояли за истину, презирали ложь. У них были свои святилища. Интересно сравнить эту информацию с тем, что писал Геродот:
«…Ставить кумирни, сооружать храмы и алтари у них не дозволяется; тех, кто поступает противно их установлениям, они обзывают глупцами, потому, мне кажется, что не представляют себе богов человекоподобными, как делают это эллины. У них в обычае приносить Зевсу жертвы на высочайших горах, причем Зевсом они называют весь небесный свод. Приносят жертвы они также Солнцу, Луне, Земле, Огню, Воде и Ветрам… Они не воздвигают алтарей и не возжигают огня; не делают возлияний…» [1,131,132].
Затем Геродот подробно описывал, каким образом приносились жертвы, утверждая, что при этом всегда присутствуют маги. «Маги резко отличаются от остальных людей… собственноручно умерщвляют всякое животное, кроме собаки и человека» [кн. 1, 140]. Он также писал, хотя и не в связи с религией: «Лживость считают они постыднейшим пороком» [кн. 1,138].
Слова Геродота в некоторой степени отражают понимание зороастризма, хотя он и не слышал ничего ни о пророке и основателе Зороастре (Заратуштре), ни о великом боге Ахурамазде.