Вскоре жизненные пути двух великих современников, Ибн Сины и Бируни, разошлись, и дальнейшее научное общение между ними было сильно затруднено.
По-видимому, причины отъезда Ибн Сины из Хорезма и дальнейших его скитаний по феодальным княжествам, находившимся на территории нынешнего Ирана, были связаны с политическими событиями того времени. Сам ученый в своей автобиографии не раскрывает нам обстоятельств, в силу которых ему пришлось покинуть сначала свою родину — Бухару, а затем и Хорезм. Он говорит только, что ему пришлось покинуть Бухару в силу необходимости и выехать из Ургенча (столицы Хорезма) также по необходимости.
В Хорезме, как и в Бухаре, Ибн Сина не чувствовал себя в безопасности: над ним нависла угроза попасть в руки Махмуда, султана Газнийского, который все более усиливал нажим на Хорезм, готовясь овладеть этой страной. Кровавый деспот, султан Махмуд, опираясь для укрепления своей власти на мусульманскую религию, круто расправлялся с карматами и беспощадно преследовал всех, отклонявшихся от догм официальной религии.
Ибн Сину уже в то время многие считали опасным вольнодумцем и еретиком, к карматам он был близок со времени детства. А султан Махмуд Газнийский, называвший Хорезм «притоном карматства», после дипломатической и военной подготовки сумел завоевать его (в июле 1017 г.). Бируни и некоторые другие ученые попали после этого в Газну, где жили при дворе Махмуда. Но Ибн Сины уже задолго до этого времени в Хорезме не было.
Покинув Хорезм, Ибн Сина побывал во многих городах и княжествах, а затем прибыл в Гурган, феодальное княжество на южном побережье Каспийского моря. В Гургане Ибн Сина познакомился с Абу-Убейдом Джузджани, который стал его учеником. Этот ученик сопровождал его во время скитаний, оставаясь верным спутником и помощником Ибн Сины до конца жизни ученого.
Джузджани много сделал для сохранения произведений Ибн Сины. Он переписывал и распространял их. Он записал автобиографию своего учителя (со слов самого Ибн Сины), доведенную до прибытия ученого в Гурган.
Джузджани оставил нам и описание дальнейших событий жизни Иби Сины. Благодаря этому у нас есть достоверная биография ученого. Это явление редкое, так как на средневековом Востоке усердно составляли жизнеописания правителей и различных «святых», но о жизни деятелей культуры писали далеко не столь подробно. Поэтому наши сведения о жизни деятелей культуры Востока очень скудны, а часто и недостоверны.
Покинув Гурган, Ибн Сина вместе со своим учеником побывал в Рее и других местах на территории нынешнего Ирана, а затем попал в Хамадан. Правитель Хамадана предоставил Ибн Сине пост вазира (министра). Ибн Сина написал здесь многие свои произведения, занимаясь науками в свободное от исполнения официальных обязанностей время и работая часто по ночам.