Против правителя Хамадана и его вазира подняли мятеж наемные воины. Мятеж был вызван (по словам Джузджани) задержкой выплаты жалованья. Считая, что ответственным за это был Ибн Сина, мятежники ворвались в его дом, разграбили имущество ученого, а самого его схватили и посадили в темницу. Восставшие воины требовали, чтобы правитель казнил Ибн Сину. Но тот не согласился на казнь, а для успокоения мятежников лишил Ибн Сину звания вазира. После этого Ибн Сина в течение сорока суток скрывался в доме одного из местных жителей.
Через некоторое время правитель заболел и вызвал к себе опального ученого. Ибн Сине удалось вылечить правителя и вернуть тем самым его расположение.
Во время своего вторичного пребывания на посту вазира в Хамадане Ибн Сина продолжал работать над капитальными научными трудами. Он писал свой основной труд по медицине — «Канон» и составлял обширную философскую и естественно-научную энциклопедию «Китаб-аш-Шифа» («Книга исцеления»).
Хотя выполнение обязанностей вазира отнимало у Ибн Сины много времени, он непрерывно продолжал интенсивную творческую научную работу. Писал он очень быстро. Он не нуждался в книгах для справок, так как благодаря своей исключительной памяти помнил все когда-либо прочитанное и изученное. Вечерами, в свободное время, Ибн Сина излагал свои научные взгляды по различным вопросам на собраниях учеников и местных ученых.
В 1021 г. правитель Хамадана умер. Новый правитель начал преследовать ученого, которому пришлось скрываться в доме одного знакомого. Там по просьбе своего верного ученика Ибн Сина закончил несколько основных разделов энциклопедического труда «Китаб-аш-Шифа».
Джузджани оставил нам описание того, как работал в это время его учитель. Ибн Сина попросил хозяина дома снабдить его письменными принадлежностями и в несколько дней, не заглядывая ни в одну книгу и не обращаясь ни к какому источнику, написал все основные положения своей работы в двадцати разделах. Положив перед собой эти наброски (тезисы или конспекты), он начал по порядку излагать письменно тему за темой задуманного труда. Каждый день он писал до пятидесяти страниц, пока не закончил полностью разделы физики и метафизики.
Затем Ибн Сина приступил к разделу логики, но в это время правитель Хамадана заподозрил его в сношениях с правителем Исфахана. Ибн Сину схватили, и он был посажен в заключение в крепость, находившуюся неподалеку от Хамадана. В заточении он находился четыре месяца и все это время продолжал работать над своими научными трудами.
В конце концов Ибн Сина был освобожден. Он прожил некоторое время в Хамадане, закончил там раздел логики своей книги «Китаб-аш-Шифа» и написал трактат о сердечных болезнях.