Над храмом в его задней части возвышалась выложенная из красного кирпича башня (так называемый «гонкан»), ориентированная строго на север, туда, где, по представлению буддистов, находится блаженная земля Шамбалы — «Шамбалын орон». В этой башне помещался особый алтарь с изображением гения-хранителя храма — богини Лхамо. Основной же алтарь с почти трехметровой статуей Большого Будды, изваянной из алебастра забайкальскими мастерами, находился в главном молитвенном зале — в первом этаже башни по оси здания. Не менее сильное впечатление на посетителей производили и интерьеры храма, создававшие особую мистическую атмосферу. Прежде всего поражало отсутствие окон — свет в основное помещение храма (нижний зал) проникал сверху, прямо с неба, через остекленную часть крыши и потолка (световой фонарь) и падал на восьмилепестковый лотос, выложенный цветными плитками в полу и воспроизводивший символические очертания Шамбалы; чуть ниже лотоса, у самых дверей, из тех же плиток была составлена свастика — древний арийский (индо-буддийский) символ счастья. Завораживало и богатое убранство молитвенного зала — густая позолота и яркие краски, загадочные восточные иероглифы, унизывающие собой барельефы колонн, идущих вдоль храма, но особенно — писаные на ткани буддийские иконы — «тангка», среди которых, по рассказам, имелось и изображение Блистающей Шамбалы.
Прообразом для петербургского дацана послужил классический тибетский «цогчен-дуган» — монастырский соборный храм. По желанию Доржиева, однако, русские архитекторы Г.В. Барановский и Р.А. Берзен придали ему вполне современный европейский облик в стиле модного северного модерна, чтобы сделать привлекательным в глазах западных буддистов. Особенно тщательной была отделка интерьеров, которой в 1914–1915 гг. руководил Николай Рерих. Так, например, по эскизам Рериха были выполнены цветные витражи плафона и «светового фонаря» (сохранились до наших дней), на которых изображены традиционные буддийские символы — «Восемь счастливых знаков». Основой для эскизов послужили, очевидно, рисунки бурятских художников, которые западный мастер затем искусно стилизовал в духе модерна. По признанию самого Рериха, именно во время строительства храма он впервые услышал о Чанг Шамбале (Северной Шамбале) от «одного очень ученого бурятского ламы».[61] Возможно, это намек на Агвана Доржиева. В то же время информатором Рериха вполне мог быть и принимавший участие в украшении храма бурят Гэлэг-Чжамцо, высокоученый лама, автор трудов по буддийской астрономии и математике.