Бокий по совместительству с работой на Лубянке одновременно входил в коллегии НКВД РСФСР (до его ликвидации в 1930-м), цензурного ведомства — Главлита и Верховного суда СССР.
В ноябре 1935 года Бокию было присвоено спецзвание комиссара госбезопасности 3-го ранга, соответствовавшее комкору Красной армии (генерал-лейтенанту). Комиссарами ГБ 3-го ранга также стали начальник ГУЛАГа НКВД М.Д. Берман, заместитель начальника СПО ГУГБ Г.С. Люшков, заместитель начальника Дмитровского ИТЛ НКВД, начальник 3-го отдела Дмитлага С.В. Пузицкий (бывший заместитель начальника советской контрразведки и разведки) и руководители региональных управлений — Б.А. Бак (первый зам. начальника Московского управления), Н.Г. Николаев-Журид (первый зам. начальника Ленинградского управления), Я.А. Дейч (начальник УНКВД по Калининской области, в то время пограничной с Латвией), В.А. Стырне (Ивановская область), И.Ф. Решетов (Свердловская область), М.С. Погребинский (Горьковский край), Г.Л. Раппопорт (Сталинградский край), И.И. Сосновский (первый замначальника УНКВД по Саратовскому краю), П.Г. Рудь (Азово-Черноморский край, Ростов-на-Дону), И.Я. Дагин (Северо-Кавказский край, в то время Пятигорск), В.А. Каруцкий (Западно-Сибирский край, Новосибирск), Я.П. Зирнис (Восточно-Сибирский край, Иркутск), С.И. Западный (первый замначальника УНКВД по ДВК, Хабаровск), украинский чекист С.С. Мазо (начальник ЭКО УГБ НКВД УССР) и начальник УНКВД по Азербайджанской ССР Ю.Д. Сумбатов-Топуридзе. Все они уступали Бокию по чекистскому стажу, не говоря уже о партийном.
Вернемся в 1921 год. «Скромный человек, спокойно уверенный в своих силах», Глеб Иванович без колебаний, с полной отдачей сил и возможностей взялся выполнять новое задание партии, ибо важнейшим в его жизни была вера в справедливое будущее, основанное на социалистических идеалах. Бокий располагал уже определенным опытом работы в структурах ВЧК Как я упоминал выше, он возглавлял Петроградскую ЧК, руководил Особыми отделами Восточного и Туркестанского фронтов. Причем в Средней Азии ему довелось заниматься советским строительством. К началу 1921 года в полную меру проявились его организаторские способности. Теперь Глебу Ивановичу пришлось все начинать с нуля.
Спецотдел должен был заниматься радиоперехватом, дешифровкой, разработкой шифров, охраной государственных тайн и многим другим. Он курировал еще спецлагеря. Вскоре охрана государственных тайн и лагерей перешли в ведение других подразделений органов государственной безопасности.
Постепенно отдел расширялся, ставились новые задачи, создавались научно-исследовательские лабораторий различного профиля, привлекались к сотрудничеству выдающиеся, известные ученые. Появился филиал в Ленинграде при местных органах государственной безопасности (подчиненный центру).