В ведении ФАПСИ находились следующие вопросы:
— спецсвязь;
— криптографическая и инженерно-техническая безопасность шифрованной связи;
— разведывательная деятельность в системе спецсвязи;
— специнформобеспечение высших органов власти.
В соответствии с этими задачами строилась и структура агентства. К 2003 году в состав ФАПСИ входили:
1. Главное управление правительственной связи (ГУПС). Эта структура отвечала за обеспечение различными видами связи высших органов государственной власти РФ, силовых структур, ведущих предприятий оборонно-промышленного комплекса и других объектов, имеющих жизненно важное значение для безопасности нашей страны. Система правительственной связи охватывает около 300 городов и специальных объектов, обеспечивает телефонной связью более 20 тыс. абонентов и документальной связью — свыше 1600 органов государственной власти и организаций. В 79 городах функционируют комплексы радиосвязи с подвижными объектами, обслуживающие свыше 3 тысяч абонентов.
2. Главное управление безопасности связи (ГУБС). Создано на базе бывшего 8-го Главного Управления КГБ СССР. Занималось криптографической защитой информации. Работы в этом направлении проводятся Академией криптографии Российской Федерации, действующей при ФАПСИ, совместно с Российской Академией наук и рядом других отраслевых академий. Специалисты ФАПСИ осуществляли разработку и сопровождение шифровальной техники для заинтересованных ведомств, обеспечивают все министерства и ведомства криптографически качественными, надежно защищенными от несанкционированного доступа ключевыми документами. Силами спецслужбы осуществляется государственный контроль за обеспечением информационной безопасности во всех сетях специальной связи в России и ее учреждениях за рубежом. В пределах своей компетенции ФАПСИ осуществляло лицензирование и сертификацию в области защиты информации, проводило работы по проверке и защите особо важных помещений федеральных органов государственной власти и установленных в них технических средств с целью выявления и предотвращения утечки информации по техническим каналам.
3. Главное управление радиоэлектронной разведки средств связи (ГУРРСС). Создано на базе бывшего 16-го управления КГБ СССР. Занималось ведением внешней разведывательной деятельности в политической, экономической, военной и научно-технической сферах с использованием радиоэлектронных средств.
4. Главное управление информационных систем (ГУИС). Первоначально 21 февраля 1992 года на базе упраздненного Управления информационных ресурсов администрации президента России в составе ФАПСИ было создано Главное управление информационных ресурсов (ГУИР). Позже ГУИР было переименовано в ГУИС. Данное управление отвечало за информационное и информационно-технологическое обеспечение органов государственной власти, включая региональный уровень. Его сотрудники осуществляли информационную поддержку баз данных, создаваемых в региональных и ведомственных структурах управления, готовили по заказу государственных органов аналитические материалы, проводили анализ публикаций в СМИ, участвовали в формировании, сопровождении и предоставлении пользователям справочных, фактографических и проблемно-ориентированных баз и банков данных.