Высидеть в Париже весь срок выставки для Менделеева было делом невозможным. Конечно, здесь было много важного, интересного и даже весьма приятного — например, известие о присвоении ему звания командора ордена Почетного легиона или приглашение на обед к старому другу И. И. Мечникову, с 1886 года жившему в Париже и возглавлявшему новую лабораторию в Пастеровском институте. Илья Ильич очень драматично описывал гостю битвы фагоцитов с микробами и горячо призывал Менделеева побольше есть кисломолочных продуктов — считал, что в них залог долголетия.
Дмитрий Иванович, конечно, и в Париже продолжал свои текущие дела: занимался календарем, писал статьи об устройстве Петербургского политехнического института, о транспортировке нефти и даже о свежих китайских событиях (Боксерском восстании), работал над «Учением о промышленности», общался с коллегами-метрологами, вел обширную переписку, — но душа звала домой, тем более что там его ожидала еще ббльшая масса работы.
Его присутствие требовалось в Главной палате, уже два года ожидавшей решения вопроса о финансировании строительства новых помещений. Всё это время Менделеев добивался возведения на территории Палаты еще двух новых зданий: лабораторного корпуса и жилого дома для сотрудников. От Менделеева требовались не только упорство, но и хитрость. В частности, О. Э. Озаровская описывает, каким образом он организовал посещение Палаты великим князем Михаилом Николаевичем, от которого в немалой степени зависело финансирование стройки. В течение нескольких дней перед этим сотрудники тащили из подвала в лаборатории самую неуклюжую и громоздкую рухлядь, оставшуюся от прежних опытов, чтобы усилить и без того очевидную тесноту. При этом Менделеев настаивал, чтобы сам проход высокого гостя был максимально затруднен: «Под ноги, под ноги! Чтоб переступать надо было! Ведь не поймут, что тесно, надо, чтоб спотыкались, тогда поймут!» Первый жилой дом, на верхнем этаже которого жил сам управляющий с семьей, был построен еще в 1897 году. С тех пор персонал Палаты увеличился ровно в два раза. В 1899 году поступили первые средства, была создана строительная комиссия под председательством Менделеева, но денег едва хватило на закладку одного здания. Между тем у главного российского метролога были обширные планы не только в отношении старых лабораторий, но и устройства новых. В частности, он был намерен создать химическую, а также газо- и водомерную лаборатории, механические мастерские, построить установку для определения напряжения (ускорения) силы тяжести, а также обзавестись собственной обсерваторией, необходимой для определения точной длительности секунды. (Несколько забегая вперед можно сказать, что выход из ситуации, когда Министерство финансов было просто не в состоянии обеспечить деньгами уже утвержденное строительство, найдет сам Менделеев, который предложит вместо двух домов построить одно «особое» пятиэтажное здание, где разместятся все задуманные им лаборатории, мастерские, обсерватория и квартиры для служащих. Так появится проект известного здания с башней и колодцем, которое архитектор С. С. Козлов возведет всего за год.) Дмитрий Иванович был также необходим в это время в Петербурге как эксперт на громком процессе о загрязнении Невы сточными водами Ниточной мануфактуры. Всё это вынуждало его совершать длительные отлучки в Петербург, что, впрочем, воспринималось руководством русского отдела Всемирной выставки и министерством, откомандировавшим его в Париж, с пониманием.