И еще одно дело требовало его личного контроля. Дмитрий Иванович затеял строительство двух доходных домов на Пушкарской. Строительство шло быстро, но за подрядчиком требовался догляд, да и нужно было произвести очередные выплаты. Несмотря на скромный образ жизни и повседневную расчетливость Дмитрия Ивановича, денег семье не хватало. Сказались в конце концов та принципиальная дистанция, которую ученый выдерживал относительно коммерческих проектов, создававшихся при его помощи, — «отказывался от принятия участия в выгодах», и тот особый характер менделеевской «скупости», который заставлял его устраивать регулярные праздники с подарками для детей сотрудников Палаты, тратить крупные суммы на гостинцы, которые он каждый раз привозил из-за границы всем родным и знакомым, и вносить двойную плату за обучение сына, имея в виду кого-то (он никогда не интересовался его именем, чтобы избежать благодарности), кто не мог заплатить за свое обучение. Менделеев надеялся, что доход от сдачи квартир хоть как-то укрепит его материальное положение, однако на деле это предприятие еще больше его ухудшило. В «Биографических заметках», описывая 1901 год, он сам признался: «Окончил стройку дома на Пушкарской и деньгами запутался». Чтобы расплатиться с долгами, построенные дома пришлось сразу же заложить.
Очевидно, что после 1900 года Менделеев ощущал явную тревогу и даже угрызения совести относительно материального будущего своей семьи. Одно из подтверждений тому — неотправленное письмо Дмитрия Ивановича к Витте. Выдержки из этого документа очень часто цитируются, но главным образом в тех случаях, когда речь идет о заслугах великого ученого в его собственном понимании. Это действительно интересный момент, который нельзя обойти вниманием. Описывая 48 лет служения родине и науке, Менделеев в первую очередь говорит о своем вкладе в науку, составляющем «гордость, не одну мою личную, но и общую русскую». Он указывает на признание этого факта более чем пятьюдесятью научными сообществами мира. Стоит отметить, что в письме нет ни слова об открытии Периодического закона, об «Основах химии», об исследованиях в области упругости газов и растворов, что совершенно понятно, учитывая «весомость» этих достижений в глазах руководства финансового ведомства, больше ценившего в нем выдающегося промышленного эксперта и единомышленника в области экономической политики. Столь же кратко он пишет о преподавании, которое взяло «лучшее время жизни и ее главную силу». Третьим видом своей деятельности Менделеев называет